Сравнение точности MALDI-ToF масс-спектрометрической идентификации штаммов Mycobacterium abscessus complex, выделенных на различных питательных средах
- Авторы: Алексеев Д.В.1, Каргина Е.А.1, Кокорев Д.А.1, Ковалев А.М.1, Бородулина Е.А.1, Лямин А.В.1, Исматуллин Д.Д.1
-
Учреждения:
- ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
- Выпуск: Том 14, № 6 (2024)
- Страницы: 1227-1232
- Раздел: КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ
- URL: https://ogarev-online.ru/2220-7619/article/view/283041
- DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-COM-17650
- ID: 283041
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Введение. Mycobacterium abscessus complex — одна из наиболее распространенных групп быстрорастущих нетуберкулезных микобактерий. Эта группа микроорганизмов все чаще становится причиной инфекций различной локализации, особенно у пациентов с муковисцидозом (МВ). Микробиологическая диагностика таких инфекций при использовании матрично активированной лазерной десорбции-ионизации с времяпролетной масс-спектрометрией (MALDI-ToF) часто затруднена из-за особенностей микобактериальных клеток, что вызывает необходимость оптимизации методики. Целью исследования стала оценка точности идентификации штаммов Mycobacterium abscessus, выделенных на универсальной хромогенной среде и на селективной среде для выделения Burkholderia cepacia complex (BCC). Материалы и методы. Для исследования было отобрано в общей сложности 64 штамма Mycobacterium abscessus. Все штаммы культивировали одновременно на универсальной хромогенной среде и на селективной среде для выделения BCC. Идентификацию выделенных микроорганизмов проводили с помощью MALDI-ToF масс-спектрометрии на приборе Microflex LT. Статистическую обработку полученных результатов проводили с использованием программы StatTech v.2.1.0. Результаты. Был проведен анализ корреляции между результатами идентификации и используемыми питательными средами. Анализ показал, что идентификация микобактерий, выделенных на хромогенной среде, была более точной, чем идентификация микобактерий, выделенных на среде для выделения BCC. Заключение. В ходе проведенного исследования было выявлено, что состав питательной среды влияет на точность идентификации представителей MABSc, что может учитываться при разработке протоколов оптимизации и повышения точности идентификации этой группы бактерий с помощью MALDI-ToF масс-спектрометрии. Несмотря на это, в контексте такой сложной патологии с высокой коморбидностью, как МВ, учитывая универсальность исследованной нами хромогенной среды и зачастую полимикробный характер инфекций при МВ, рационально для первичного посева исследуемого материала использовать селективные среды, в том числе среду для выделения BCC. Однако после первичного посева микобактерии можно пересевать на хромогенную среду для оценки культуральных свойств и улучшения качества видовой идентификации.
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Д. В. Алексеев
ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
Email: d.a.kokorev@samsmu.ru
специалист лаборатории культуромных и протеомных исследований в микробиологии Научно-образовательного профессионального центра генетических и лабораторных технологий
Россия, г. СамараЕ. А. Каргина
ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
Email: d.a.kokorev@samsmu.ru
студентка 6 курса Института педиатрии
Россия, г. СамараДаниил Андреевич Кокорев
ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
Автор, ответственный за переписку.
Email: d.a.kokorev@samsmu.ru
специалист лаборатории метагеномики человека Научно-образовательного профессионального центра генетических и лабораторных технологий
Россия, г. СамараА. М. Ковалев
ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
Email: d.a.kokorev@samsmu.ru
к.б.н., зав. лабораторией генетических технологий в микробиологии Научно-образовательного профессионального центра генетических и лабораторных технологий
Россия, г. СамараЕ. А. Бородулина
ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
Email: d.a.kokorev@samsmu.ru
д.м.н., профессор, зав. кафедрой фтизиатрии и пульмонологии
Россия, г. СамараА. В. Лямин
ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
Email: d.a.kokorev@samsmu.ru
д.м.н., доцент, директор Научно-образовательного профессионального центра генетических и лабораторных технологий
Россия, г. СамараД. Д. Исматуллин
ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России
Email: d.a.kokorev@samsmu.ru
к.м.н., зав. лабораторией Научно-образовательного профессионального центра генетических и лабораторных технологий
Россия, г. СамараСписок литературы
- Поликарпова С.В., Жилина С.В., Кондратенко О.В., Лямин А.В., Борзова Ю.В. Руководство по микробиологической диагностике инфекций дыхательных путей у пациентов с муковисцидозом. Москва–Тверь: Триада, 2019. 128 с. [Polikarpova S.V., Zhilina S.V., Kondratenko O.V. Guidelines for the microbiological diagnosis of respiratory tract infections in patients with cystic fibrosis. Moscow–Tver: Triada, 2019. 128 p. (In Russ.)]
- Ahmed I., Tiberi S., Farooqi J., Jabeen K., Yeboah-Manu D., Migliori G.B., Hasan R. Non-tuberculous mycobacterial infections-A neglected and emerging problem. Int. J. Infect. Dis., 2020, vol. 92S, pp. S46–S50. doi: 10.1016/j.ijid.2020.02.022
- Babalik A., Koç E.N., Sekerbey H.G., Dönmez G.E., Balikci A., Kilicaslan Z. Nontuberculous mycobacteria isolation from sputum specimens: A retrospective analysis of 1061 cases. Int. J. Mycobacteriol., 2023, vol. 12, no. 1, pp. 55–65. doi: 10.4103/ijmy.ijmy_10_23
- Belardinelli J.M., Li W., Avanzi C., Angala S.K., Lian E., Wiersma C.J., Palčeková Z., Martin K.H., Angala B., de Moura V.C.N., Kerns C., Jones V., Gonzalez-Juarrero M., Davidson R.M., Nick J.A., Borlee B.R., Jackson M. Unique features of Mycobacterium abscessus biofilms formed in synthetic cystic fibrosis medium. Front. Microbiol., 2021, no. 12: 743126. doi: 10.3389/fmicb.2021.743126
- Blanchard A.C., Waters V.J. Microbiology of cystic fibrosis airway disease. Semin. Respir. Crit. Care Med., 2019, vol. 40, no. 6, pp. 727–736. doi: 10.1055/s-0039-1698464
- Gardner A.I., McClenaghan E., Saint G., McNamara P.S., Brodlie M., Thomas M.F. Epidemiology of nontuberculous mycobacteria infection in children and young people with cystic fibrosis: analysis of UK cystic fibrosis registry. Clin. Infect. Dis., 2019, vol. 68, no. 5, pp. 731–737. doi: 10.1093/cid/ciy531
- Li J., Wang J., Sun H., Huo F., Shang Y., Li S. The effect of culture media dilution on recovery of rapidly growing mycobacteria. New Microbiol., 2020, vol. 43, no. 4, pp. 191–194
- Lyamin A.V., Ereshchenko A.A., Gusyakova O.A., Antipov V.A., Kozlov A.V., Ismatullin D.D. Application of chromogenic media for preliminary identification of acid-resistant bacteria. Int. J. Mycobacteriol., 2023, vol. 12, no. 1, pp. 49–54. doi: 10.4103/ijmy.ijmy_6_23
- Lyamin A.V., Ereshchenko A.A., Ismatullin D.D., Zolotov M.O., Alekseev D.V., Kayumov K.A. Evaluation of the influence of the cultivation medium on the result of identification of microorganisms from the group of acid-resistant bacteria of the order actinomycetales by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Int. J. Mycobacteriol., 2023, vol. 12, no. 2, pp. 157–161. doi: 10.4103/ijmy.ijmy_85_23
- Moore J.E., Millar B.C. Comparison of four agar media for the enumeration of the Mycobacterium abscessus complex. Int. J. Mycobacteriol., 2020, vol. 9, no. 3, pp. 289–292. doi: 10.4103/ijmy.ijmy_110_20
- Nick J.A., Daley C.L., Lenhart-Pendergrass P.M., Davidson R.M. Nontuberculous mycobacteria in cystic fibrosis. Curr. Opin. Pulm. Med., 2021, vol. 27, no. 6, pp. 586–592. doi: 10.1097/MCP.0000000000000816
- Parmar S., Tocheva E.I. The cell envelope of Mycobacterium abscessus and its role in pathogenesis. PLoS Pathog., 2023, vol. 19, no. 5: e1011318. doi: 10.1371/journal.ppat.1011318
- Ratnatunga C.N., Lutzky V.P., Kupz A., Doolan D.L., Reid D.W., Field M., Bell S.C., Thomson R.M., Miles J.J. The rise of non-tuberculosis mycobacterial lung disease. Front. Immunol., 2020, no. 11: 303. doi: 10.3389/fimmu.2020.00303
- Wang H.Y., Kuo C.H., Chung C.R., Lin W.Y., Wang Y.C., Lin T.W., Yu J.R., Lu J.J., Wu T.S. Rapid and accurate discrimination of Mycobacterium abscessus subspecies based on matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight spectrum and machine learning algorithms. Biomedicines, 2022, vol. 11, no. 1: 45. doi: 10.3390/biomedicines11010045
- Wetzstein N., Diricks M., Kohl T.A., Wichelhaus T.A., Andres S., Paulowski L., Schwarz C., Lewin A., Kehrmann J., Kahl B.C., Dichtl K., Hügel C., Eickmeier O., Smaczny C., Schmidt A., Zimmermann S., Nährlich L., Hafkemeyer S., Niemann S., Maurer F.P., Hogardt M. Molecular epidemiology of Mycobacterium abscessus isolates recovered from german cystic fibrosis patients. Microbiol. Spectr., 2022, vol. 10, no. 4: e0171422. doi: 10.1128/spectrum.01714-22
Дополнительные файлы
