СЛУЧАЙ ПАЦИЕНТА С ДИАГНОЗОМ “ОВИН?”: ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕТЕРОЗИГОТНОЙ МИССЕНС-МУТАЦИИ E1021K В ГЕНЕ PIK3CD С ПОМОЩЬЮ ЭКЗОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ
- Авторы: Гордукова М.А.1, Кечин А.А.2,3, Зимин С.Б.1, Серпокрылова И.Ю.3,4, Филипенко М.Л.2,3, Продеус А.П.1,5
-
Учреждения:
- ГБУЗ “ДГКБ № 9 им. Г.Н. Сперанского ДЗМ”
- Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
- Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
- ООО Биоссет, Новосибирск
- Университетская клиника детских болезней РНИМУ им Н.И. Пирогова
- Выпуск: Том 21, № 1 (2018)
- Страницы: 54-64
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
- URL: https://ogarev-online.ru/1028-7221/article/view/119367
- DOI: https://doi.org/10.7868/S1028722118010070
- ID: 119367
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Полноэкзомное секвенирование было проведено с целью установления окончательного диагноза 17-летнему мальчику (НС), имевшему в анамнезе признаки общей вариабельной иммунной недостаточности (ОВИН), рецидивирующие легочные инфекции, хроническую виремию ЭБВ, лимфаденопатию, снижение субкласса IgG3 и отсутствие субкласса IgG4, многократно госпитализированного в отделение иммунопатологии многопрофильного стационара. Мы показали наличие гетерозиготной миссенс-мутации E1021K в гене PIK3CD, кодирующем p110d (c.3061G > A [p.E1021K]). Присутствие данной мутации в геноме пациента было подтверждено с помощью секвенирования по Сэнгеру, а ее отсутствие в образцах ДНК от родителей пациента свидетельствует о возникновении этой мутации de novo. Другие мутации в генах, задействованных в функционировании иммунной системы, также были подтверждены секвенированием по Сэнгеру, включая TLR3 p.L412F, TNFRSF1A p.R121Q (rs4149584), ассоциированные с периодической болезнью.
Об авторах
М. А. Гордукова
ГБУЗ “ДГКБ № 9 им. Г.Н. Сперанского ДЗМ”
Автор, ответственный за переписку.
Email: ma.gordukova@dgkb-9.ru
биолог, клиническая диагностическая лаборатория
123317, г. Москва, Шмитовский проезд, 29
РоссияА. А. Кечин
Новосибирский национальный исследовательский государственный университет; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
Email: fake@neicon.ru
инженер в лаборатории фармакогеномики Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
г. Новосибирск
РоссияС. Б. Зимин
ГБУЗ “ДГКБ № 9 им. Г.Н. Сперанского ДЗМ”
Email: fake@neicon.ru
заведующий отделением Иммунопатологии
г. Москва
РоссияИ. Ю. Серпокрылова
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН; ООО Биоссет, Новосибирск
Email: fake@neicon.ru
инженер
г. Новосибирск
РоссияМ. Л. Филипенко
Новосибирский национальный исследовательский государственный университет; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
Email: fake@neicon.ru
к.б.н., заведующий лабораторией фармакогеномики Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
г. Новосибирск
РоссияА. П. Продеус
ГБУЗ “ДГКБ № 9 им. Г.Н. Сперанского ДЗМ”; Университетская клиника детских болезней РНИМУ им Н.И. Пирогова
Email: fake@neicon.ru
д.м.н., профессор, врач педиатр-иммунолог, главный специалист по педиатрии, директор университетской клиники РНИМУ им Н.И. Пирогова
г. Москва
РоссияСписок литературы
- Chapel H., Lucas M., Lee M., Bjorkander J., Webster D., Grimbacher B., Fieschi C., Thon V., Abedi M.R., Hammarstrom L. Common variable immunodeficiency disorders: division into distinct clinical phenotypes, Blood 2008 (112), 277–286.
- Abbott J.K., Gelfand E.W. Common Variable Immunodeficiency: Diagnosis, Management, and Treatment. Immunology and Allergy Clinics of North America 2015, 35(4), 637–658.
- Bogaert D.J., Dullaers M., Lambrecht B.N., Vermaelen K.Y., De Baere E., Haerynck F. Genes associated with common variable immunodeficiency: one diagnosis to rule them all? Journal of Medical Genetics 2016, 53(9), 575–590.
- Ameratunga R., Lehnert K., Woon S.T., Gillis D., Bryant V.L., Slade C.A., Steele R. Review: Diagnosing Common Variable Immunodeficiency Disorder in the Era of Genome Sequencing. Clinical Reviews in Allergy & Immunology 2017, https://doi.org/10.1007/s12016-017-8645-0
- Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics. 2009, 25(14), 1754–1760. doi: 10.1093/bioinformatics/btp324.
- McKenna A., Hanna M., Banks E., Sivachenko A., Cibulskis K., Kernytsky A., Garimella K., Altshuler D., Gabriel S., Daly M., DePristo M.A. The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data. Genome Research 2010, 20(9), 1297–1303. doi: 10.1101/gr.107524.110.
- Chang X., Wang K. wANNOVAR: annotating genetic variants for personal genomes via the web. Journal of Medical Genetics 2012, 49(7), 433–436. doi: 10.1136/jmedgenet-2012-100918.
- Yang H., Wang K. Genomic variant annotation and prioritization with ANNOVAR and wANNOVAR. Nature Protocols 2015, 10(10), 1556–1566. doi: 10.1038/nprot.2015.105.
- den Dunnen J.T., Antonarakis S.E. Mutation nomenclature extensions and suggestions to describe complex mutations: a discussion. Human Mutation 2000, 15(1), 7–12.
- Гордукова М.А., Оскорбин И.П., Мишукова О.В., Зимин С.Б., Зиновьева Н.В., Давыдова Н.В., Смирнова А.С., Никитина И.А., Корсунский И.А., Филипенко М.Л., Продеус А.П. Разработка набора реагентов для количественного определения молекул ДНК TREC и KREC в цельной крови и сухих пятнах крови методом мультиплексной ПЦР в режиме реального времени. Медицинская иммунология 2015, 17(5), 467–478. doi: 10.15789/1563-0625-2015-5-467-478.
- Crank M.C., Grossman J.K., Moir S., Pittaluga S., Buckner C.M., Kardava L., Agharahimi A., Meuwissen H., Stoddard J., Niemela J., Kuehn H., Rosenzweig S.D. Mutations in PIK3CD can cause hyper IgM syndrome (HIGM) associated with increased cancer susceptibility. Journal of Clinical Immunology 2014, 34(3), 272–276. doi: 10.1007/s10875-014-0012-9.
- Wentink M., Dalm V., Lankester A.C., van Schouwenburg P.A., Schölvinck L., Kalina T., Zachova R., Sediva A., Lambeck A., Pico-Knijnenburg I., van Dongen J.J., Pac M., Bernatowska E., van Hagen M., Driessen G., van der Burg M. Genetic defects in PI3Kδ affect B-cell differentiation and maturation leading to hypogammaglobulineamia and recurrent infections. Clinical Immunology 2017, 176, 77–86. doi: 10.1016/j.clim.2017.01.004
- Elgizouli M., Lowe D.M., Speckmann C., Schubert D., Hülsdünker J., Eskandarian Z., Dudek A., Schmitt-Graeff A., Wanders J., Jørgensen S.F., Fevang B., Salzer U., Nieters A., Burns S., Grimbacher B. Activating PI3Kδ mutations in a cohort of 669 patients with primary immunodeficiency. Clinical & Experimental Immunology 2016, 183(2), 221– 229. doi: 10.1111/cei.12706
- Angulo I., Vadas O., Garçon F., Banham-Hall E., Plagnol V., Leahy T.R., Baxendale H., Coulter T., Curtis J., Wu C., Blake-Palmer K., Perisic O., Smyth D., Maes M., Fiddler C., Juss J., Cilliers D., Markelj G., Chandra A., Farmer G., Kielkowska A., Clark J., Kracker S., Debré M., Picard C., Pellier I., Jabado N., Morris J.A., Barcenas-Morales G., Fischer A., Stephens L., Hawkins P., Barrett J.C., Abinun M., Clatworthy M., Durandy A., Doffinger R., Chilvers E.R., Cant A.J., Kumararatne D., Okkenhaug K., Williams R.L., Condliffe A., Nejentsev S. Phosphoinositide 3-kinase δ gene mutation predisposes to respiratory infection and airway damage. Science 2013, 342(6160), 866-871. doi: 10.1126/science.1243292.
- Lucas C.L., Kuehn H.S., Zhao F., Niemela J.E., Deenick E.K., Palendira U., Avery D.T., Moens L., Cannons J.L., Biancalana M., Stoddard J., Ouyang W., Frucht D.M., Rao V.K., Atkinson T.P., Agharahimi A., Hussey A.A., Folio L.R., Olivier K.N., Fleisher T.A., Pittaluga S., Holland S.M., Cohen J.I., Oliveira J.B., Tangye S.G., Schwartzberg P.L., Lenardo M.J., Uzel G. Dominant-activating germline mutations in the gene encoding the PI(3) K catalytic subunit p110δ result in T cell senescence and human immunodeficiency. Nature Immunology 2014, 15(1), 88–97. doi: 10.1038/ni.2771.
- Coulter T.I., Chandra A., Bacon C.M., Babar J., Curtis J., Screaton N., Goodlad J.R., Farmer G., Steele C.L., Leahy T.R., Doffinger R., Baxendale H., Bernatoniene J., Edgar J.D., Longhurst H.J., Ehl S., Speckmann C., Grimbacher B., Sediva A., Milota T., Faust S.N., Williams A.P., Hayman G., Kucuk Z.Y., Hague R., French P., Brooker R., Forsyth P., Herriot R., Cancrini C., Palma P., Ariganello P., Conlon N., Feighery C., Gavin P.J., Jones A., Imai K., Ibrahim M.A., Markelj G., Abinun M., Rieux-Laucat F., Latour S., Pellier I., Fischer A., Touzot F., Casanova J.L., Durandy A., Burns S.O., Savic S., Kumararatne D.S., Moshous D., Kracker S., Vanhaesebroeck B., Okkenhaug K., Picard C., Nejentsev S., Condliffe A.M., Cant A.J. Clinical spectrum and features of activated phosphoinositide 3-kinase δ syndrome: A large patient cohort study. Journal of Allergy and Clinical Immunology 2017, 139(2), 597–606. e4. doi: 10.1016/j.jaci.2016.06.021.
- Kracker S., Curtis J., Ibrahim M.A., Sediva A., Salisbury J., Campr V., Debré M., Edgar J.D., Imai K., Picard C., Casanova J.L., Fischer A., Nejentsev S., Durandy A. Occurrence of B-cell lymphomas in patients with activated phosphoinositide 3-kinase δ syndrome. Journal of Allergy and Clinical Immunology 2014, 134(1), 233–236. doi: 10.1016/j.jaci.2014.02.020.
- Simon A., Park H., Maddipati R., Lobito A.A., Bulua A.C., Jackson A.J., Chae J.J., Ettinger R., de Koning H.D., Cruz A.C., Kastner D.L., Komarow H., Siegel R.M. Concerted action of wild-type and mutant TNF receptors enhances inflammation in TNF receptor 1-associated periodic fever syndrome. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 2010, 107(21), 9801–9806. doi: 10.1073/pnas.0914118107
- Di Gioia S.A., Bedoni N., von Scheven-Gête A., Vanoni F., Superti-Furga A., Hofer M., Rivolta C. Analysis of the genetic basis of periodic fever with aphthous stomatitis, pharyngitis, and cervical adenitis (PFAPA) syndrome. Scientific Reports – Nature 2015, 5:10200. doi: 10.1038/srep10200.
- Grandemange S., Cabasson S., Sarrabay G., Pène J., Rittore C., Sanchez E., Chastang M.C., Guyon G., Pillet P., Touitou I. Clinical dose effect and functional consequences of R92Q in two families presenting with a TRAPS/PFAPA-like phenotype. Molecular Genetics & Genomic Medicine 2017, 5(2), 110–116.
- Dornan G.L., Siempelkamp B.D., Jenkins M.L., Vadas O., Lucas C.L., Burke J.E. Conformational disruption of PI3Kδ regulation by immunodeficiency mutations in PIK3CD and PIK3R1. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 2017, 114(8), 1982–1987. doi: 10.1073/pnas.
Дополнительные файлы
