Сравнение методов выделения экстраклеточных везикул из сыворотки крови человека

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Экстраклеточные везикулы (ЭВ) в последнее время стали важным объектом для изучения. Предполагается, что посредством ЭВ в организме осуществляется межклеточная коммуникация, в том числе регулирование экспрессии генов, управление такими процессами, как пролиферация и дифференцировка, а также многое другое. Также показана важная роль ЭВ в патологии. Важным практическим применением ЭВ считается их использование в качестве маркеров различных патологических состояний. В настоящее время понимание молекулярных механизмов действия ЭВ весьма ограничено, не в последнюю очередь в связи с методическими сложностями изучения этих объектов. В первую очередь стоит отметить, что не существует стандартизованного метода выделения ЭВ, а это является проблемой для более глубокого изучения ЭВ. Мы попытались подобрать наиболее приемлемый метод выделения ЭВ из сыворотки крови. Для этого ЭВ были выделены из сыворотки крови с помощью трех методов, после чего с помощью масс-спектрометрии определили белковый состав выделенных ЭВ. У каждого из проверенных методов нашлись свои преимущества и свои недостатки, что необходимо учитывать при планировании экспериментов в дальнейшем.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. А. Яковлев

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ; Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва; Москва

Т. А. Дружкова

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва

Н. А. Соловьева

Федеральное государственное бюджетное научное учреждение “Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича”

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва

А. Б. Гехт

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва

Н. В. Гуляева

Научно-практический психоневрологический центр им. З.П. Соловьева ДЗМ; Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН

Email: al_yakovlev@ihna.ru
Россия, Москва; Москва

Список литературы

  1. Thery C., Witwer K.W., Aikawa E., Alcaraz M.J., Anderson J.D., Andriantsitohaina R., Antoniou A., Arab T., Archer F., Atkin-Smith G.K., et al. // J. Extracell. Vesicles. 2018. V. 7. № 1.
  2. Belhadj Z., He B., Deng H.L., Song S.Y., Zhang H., Wang X.Q., Dai W.B., Zhang Q. // J. Extracell. Vesicles. 2020. V. 9. № 1.
  3. Khaspekov L.G., Yakovlev A.A. // Neurochem. J. 2023. V. 39. № 1. P. 1‒18.
  4. van Niel G., Carter D.R.F., Clayton A., Lambert D.W., Raposo G., Vader P. // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2022. V. 23. № 5. P. 369‒382.
  5. Brennan K., Martin K., FitzGerald S.P., O’Sullivan J., Wu Y., Blanco A., Richardson C., Mc Gee M.M. // Sci. Rep. 2020. V. 10. № 1.
  6. Dong L., Zieren R.C., Horie K., Kim C.-J., Mallick E., Jing Y., Feng M., Kuczler M.D., Green J., Amend S.R., Pienta K.J., Xue W. // J. Extracell. Vesicles. 2020. V. 10. № 2.
  7. Visan K.S., Lobb R.J., Ham S., Lima L.G., Palma C., Edna C.P.Z., Wu L.-Y., Gowda H., Datta K.K., Hartel G., Salomon C., Möller A. // J. Extracell. Vesicles. 2022. V. 11. № 9.
  8. Novikova S., Shushkova N., Farafonova T., Tikhonova O., Kamyshinsky R., Zgoda V. // Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. № 18. P. 1‒29.
  9. Tyanova S., Temu T., Cox J. // Nat. Protoc. 2016. V. 11. № 12. P. 2301‒2319.
  10. Yakovlev A.A., Druzhkova T.A., Nikolaev R.V., Kuznetsova V.E., Gruzdev S.K., Guekht A.B., Gulyaeva N.V. // Neurochem. J. 2019. V. 13. № 4. P. 385‒390.
  11. Yerneni S.S., Solomon T., Smith J., Campbell P.G. // Biochim. Biophys. Acta Gen. Subj. 2022. V. 1866. № 2.
  12. Tóth E., Turiák L., Visnovitz T., Cserép C., Mázló A., Sódar B.W., Försönits A.I., Petővári G., Sebestyén A., Komlósi Z., Drahos L., Kittel Á., Nagy G., Bácsi A., Dénes Á., Gho Y.S., Szabó-Taylor K., Buzás E.I. // J. Extracell. Vesicles. 2021. V. 10. № 11.
  13. Wolf M., Poupardin R.W., Ebner-Peking P., Andrade A.C., Blöchl C., Obermayer A., Gomes F.G., Vari B., Maeding N., Eminger E., Binder H.M., Raninger A.M., Hochmann S., Brachtl G., Spittler A., Heuser T., Ofir R., Huber C.G., Aberman Z., Schallmoser K., Volk H.D., Strunk D. // J. Extracell. Vesicles. 2022. V. 11. № 4.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Анализ протеома ЭВ, выделенных разными методами. Число белков, идентифицированных с помощью масс-спектрометрического анализа, представлено на диаграмме Венна.

Скачать (63KB)
3. Рис. 2. Локализация белков, выявленных во фракции ЭВ, согласно базе данных FunRich. Показаны только те компартменты, белки которых достоверно обогащаются при выделении ЭВ. Во всех представленных компартментах для всех способов выделения происходит достоверное обогащение белков с достоверностью p < 0.001 по тесту Хи-квадрат с поправкой Бонферрони на множественные сравнения.

Скачать (136KB)

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».