Генетическое разнообразие парэховирусов (Picornaviridae: Paavivirinae: Parechovirus: Parechovirus ahumpari), циркулировавших в Нижнем Новгороде в 2021–2024 гг.
- Авторы: Зверев В.В.1, Селиванова С.Г.1, Епифанова Н.В.1, Кашников А.Ю.1, Пономарева Н.В.1, Голицына Л.Н.1, Новикова Н.А.1
-
Учреждения:
- ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
- Выпуск: Том 70, № 6 (2025)
- Страницы: 581-588
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
- URL: https://ogarev-online.ru/0507-4088/article/view/375507
- DOI: https://doi.org/10.36233/0507-4088-351
- EDN: https://elibrary.ru/vyskys
- ID: 375507
Цитировать
Аннотация
Введение. Парэховирусы вида Parechovirus ahumpari (PeV-A), патогенные для человека, являются широко распространенными в мире и генетически разнообразными инфекционными агентами. Вызываемая вирусами инфекция характеризуется полиморфизмом клинических проявлений – от легких кишечных или респираторных заболеваний до тяжелых поражений ЦНС. Основной группой риска по заболеванию являются новорожденные и дети первых лет жизни. Внутри вида PeV-A классифицировано 19 типов, распределение которых варьирует на разных территориях. В России типовой состав территориальных парэховирусных популяций изучен недостаточно, что определяет актуальность мониторинга циркуляции этих вирусов с использованием генотипирования.
Цель исследования – идентификация и изучение генетического разнообразия парэховирусов, циркулировавших в Нижнем Новгороде в период 2021–2024 гг.
Материалы и методы. На наличие парэховирусов человека исследовано 5073 образца фекалий детей, госпитализированных в инфекционный стационар с острой кишечной инфекцией (ОКИ). Выявление парэховирусов проводили методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией. Тип вируса определяли методом секвенирования по Сэнгеру фрагмента области VP1 генома. Нуклеотидные последовательности анализировали с использованием программного обеспечения MEGA X и Beast v. 1.8.4.
Результаты. Парэховирусы обнаруживали у детей от 3 мес до 17 лет с частотой 0,06–2,08% в разные годы (в среднем – 1,46 ± 0,16%). Тип вируса был установлен для 52 штаммов. Идентифицированы парэховирусы вида PeV-A 6 типов. Доминирующее положение занял тип PeV-A1 (80,4%). Парэховирусы типов PeV-A2–PeV-A6 выявлены в единичных случаях. Установлена гетерогенность нижегородской популяции парэховирусов PeV-A1, которая представлена вирусами двух генотипов – 1A и 1B, с абсолютным преобладанием генотипа 1В, включавшего 16 геновариантов.
Заключение. Полученные данные расширяют информацию о типовом и генетическом разнообразии патогенных для человека парэховирусов, циркулирующих среди населения средней полосы России (на примере Нижнего Новгорода).
Ключевые слова
Об авторах
Владимир Владимирович Зверев
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
Email: arceo@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-3853-9293
канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций
Россия, 603950, Нижний НовгородСветлана Григорьевна Селиванова
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
Email: svetafor22@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-6610-1774
канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций
Россия, 603950, Нижний НовгородНаталия Владимировна Епифанова
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
Email: epifanovanv@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-7679-8029
канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций
Россия, 603950, Нижний НовгородАлександр Юрьевич Кашников
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
Email: mevirfc@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1033-7347
научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций
Россия, 603950, Нижний НовгородНаталья Вячеславовна Пономарева
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
Email: natalia.ponomareva.rfc@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-8950-6259
канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций
Россия, 603950, Нижний НовгородЛюдмила Николаевна Голицына
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
Email: lyudmila_galitzina@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8064-4476
канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций
Россия, 603950, Нижний НовгородНадежда Алексеевна Новикова
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
Автор, ответственный за переписку.
Email: novikova_na@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3710-6648
д-р биол. наук, профессор, ведущий научный сотрудник, заведующая лабораторией молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций
Россия, 603950, Нижний НовгородСписок литературы
- Hyypiä T., Horsnell C., Maaronen M., Khan M., Kalkkinen N., Auvinen P., et al. A distinct picornavirus group identified by sequence analysis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992; 89(18): 8847–51. https://doi.org/10.1073/pnas.89.18.8847
- Wigand R., Sabin A.B. Properties of ECHO types 22, 23 and 24 viruses. Arch. Gesamte. Virusforsch. 1961; 11: 224–47. https://doi.org/10.1007/BF01241688
- Stanway G., Kalkkinen N., Roivainen M., Ghazi F., Khan M., Smyth M., et al. Molecular and biological characteristics of echovirus 22, a representative of a new picornavirus group. J. Virol. 1994; 68(12): 8232–8. https://doi.org/10.1128/JVI.68.12.8232-8238.1994
- Zell R., Delwart E., Gorbalenya A.E., Hovi T., King A.M.Q., Knowles N.J., et al. ICTV virus taxonomy profile: Picornaviridae. J. Gen. Virol. 2017; 98(10): 2421–2. https://doi.org/10.1099/jgv.0.000911
- Stanway G., Joki-Korpela P., Hyypiä T. Human parechoviruses – biology and clinical significance. Rev. Med. Virol. 2000; 10(1): 57–69. https://doi.org/10.1002/(sici)1099-1654(200001/02)10:1<57::aid-rmv266>3.0.co;2-h
- Verboon-Maciolek M.A., Groenendaal F., Hahn C.D., Hellmann J., van Loon A.M., Boivin G., et al. Human parechovirus causes encephalitis with white matter injury in neonates. Ann. Neurol. 2008; 64(3): 266–73. https://doi.org/10.1002/ana.21445
- Benschop K.S., Schinkel J., Minnaar R.P., Pajkrt D., Spanjerberg L., Kraakman H.C., et al. Human parechovirus infections in Dutch children and the association between serotype and disease severity. Clin. Infect. Dis. 2006; 42(2): 204–10. https://doi.org/10.1086/498905
- Kabuga A.I., Nejati A., Soheili P., Shahmahmoodi S. Human parechovirus are emerging pathogens with broad spectrum of clinical syndromes in adults. J. Med. Virol. 2020; 92(12): 2911–6. https://doi.org/10.1002/jmv.26395
- Brouwer L., Wolthers K.C., Pajkrt D. Parechovirus A prevalence in adults in The Netherlands. Arch. Virol. 2020; 165(4): 963–6. https://doi.org/10.1007/s00705-020-04547-0
- Alam F., Li Y., Vogt M.R. Parechovirus: neglected for too long? J. Virol. 2025; 99(4): e0184624. https://doi.org/10.1128/jvi.01846-24
- Голицына Л.Н., Зверев В.В., Новикова Н.А., Фомина С.Г., Епифанова Н.В., Луковникова Л.Б. Обнаружение парэховирусов у детей с гастроэнтеритом. В кн.: Материалы IX съезда Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов. Том 2. М.; 2007: 224–5. https://elibrary.ru/vyveqn
- Голицына Л.Н., Зверев В.В., Новикова Н.А., Фомина С.Г., Парфенова О.В., Епифанова Н.В. и др. Обнаружение, особенности циркуляции и разнообразие парэховирусов человека в Нижнем Новгороде. Вопросы вирусологии. 2013; 58(2): 29–33. https://elibrary.ru/pzlptj
- Zhirakovskaia E., Tikunov A., Babkin I., Tikunova N. Complete genome sequences of the first parechoviruses A associated with sporadic pediatric acute gastroenteritis in Russia. Infect. Genet. Evol. 2020; 80: 104214. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104214
- Nix W.A., Maher K., Pallansch M.A., Oberste M.S. Parechovirus typing in clinical specimens by nested or semi-nested PCR coupled with sequencing. J. Clin. Virol. 2010; 48(3): 202–7. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2010.04.007
- Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
- Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D., Rambaut A. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Mol. Biol. Evol. 2012; 29(8): 1969–73. https://doi.org/10.1093/molbev/mss075
- Benschop K.S., de Vries M., Minnaar R.P., Stanway G., van der Hoek L., Wolthers K.C., et al. Comprehensive full-length sequence analyses of human parechoviruses: diversity and recombination. J. Gen. Virol. 2010; 91(Pt. 1): 145–54. https://doi.org/10.1099/vir.0.014670-0
- Голицына Л.Н., Зверев В.В., Новикова Н.А. Парэховирусы человека. Нижний Новгород: Растр-НН; 2017. https://elibrary.ru/zgmsgr
- Mizuta K., Itagaki T., Katsushima F., Katsushima Y., Sasaki M., Komabayashi K., et al. Longitudinal antigenic and seroepidemiological analyses of parechovirus A1 in Yamagata, Japan. J. Med. Virol. 2023; 95(4): e28696. https://doi.org/10.1002/jmv.28696
- Li W., Gao Z., Yan H., Tian Y., Liu B., Shen L., et al. Prevalence and genetic diversity of Parechovirus A in children with diarrhea in Beijing, China, 2017–2019. Infect. Genet. Evol. 2023; 111: 105435. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2023.105435
- Elling R., Böttcher S., du Bois F., Müller A., Prifert C., Weissbrich B., et al. Epidemiology of human Parechovirus type 3 upsurge in 2 hospitals, Freiburg, Germany, 2018. Emerg. Infect. Dis. 2019; 25(7): 1384–8. https://doi.org/10.3201/eid2507.190257
- Bubba L., Broberg E.K., Fischer T.K., Simmonds P., Harvala H. Parechovirus A circulation and testing capacities in Europe, 2015–2021. Emerg. Infect. Dis. 2024; 30(2): 234–44. https://doi.org/10.3201/eid3002.230647
- Tao L., Humphries R.M., Banerjee R., Gaston D.C. Re-emergence of Parechovirus: 2017–2022 national trends of detection in cerebrospinal fluid. Open Forum Infect. Dis. 2023; 10(3): ofad112. https://doi.org/10.1093/ofid/ofad112
- Wang C.Y.T., Ware R.S., Lambert S.B., Mhango L.P., Tozer S., Day R., et al. Parechovirus A infections in healthy Australian children during the first 2 years of life: a community-based longitudinal birth cohort study. Clin. Infect. Dis. 2020; 71(1): 116–27. https://doi.org/10.1093/cid/ciz761
- Sridhar A., Karelehto E., Brouwer L., Pajkrt D., Wolthers K.C. Parechovirus A pathogenesis and the enigma of genotype A-3. Viruses. 2019; 11(11): 1062. https://doi.org/10.3390/v11111062
Дополнительные файлы
