Первый случай идентификации Orthohantavirus dobravaense, вирус Куркино (Hantaviridae: Orthohantavirus) на территории Приволжского федерального округа

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Вирусы Куркино и Сочи – Orthohantavirus dobravaense (ODOB), являются одними из возбудителей геморрагической лихорадки с почечным синдромом на европейской части территории России. Однако в настоящее время в литературе приводятся только ограниченные данные о распространении в России генетических вариантов ODOB.

Цель – выявление ODOB на территориях ряда регионов Приволжского (ПФО), Центрального и Уральского федеральных округов РФ и проведение анализа их генома.

Материалы и методы. Общую РНК выделяли из образцов легочной ткани полевых мышей (Apodemus agrarius) и желтогорлых мышей (A. flavicollis), отловленных в ряде субъектов ПФО и соседних регионах в 2015–2023 гг. Выявление ортохантавирусной РНК проводили методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией с использованием видоспецифичных праймеров для ODOB. Продукты ПЦР-амплификации разделяли в агарозном геле, очищали и секвенировали по Сэнгеру. Для секвенированных участков генома проводили сравнительный и филогенетический анализ.

Результаты. В одном образце A. flavicollis из Ульяновской области была выявлена ортохантавирусная РНК. По результатам анализа нуклеотидных последовательностей секвенированных ПЦР-продуктов было установлено, что наиболее высокие значения идентичности были получены при сравнении выявленного нуклеотидной последовательности РНК-изолята с референсным штаммом ODOB (вирус Куркино из Тульской области). Данные филогенетического анализа секвенированных участков S- и M-сегментов позволили установить, что наиболее близкородственным выявленному РНК-изоляту оказался вирус Куркино, найденный ранее у A. agrarius в Тульской области. Таким образом, выявленный изолят был идентифицирован как вариант вируса Куркино, ранее выявленного в центральных областях России и в Западной Сибири, близкородственные которому геноварианты распространены в странах центральной Европы.

Выводы. Впервые доказано, что: 1) ареал Orthohantavirus dobravaense (вирус Куркино) распространяется на часть территории ПФО; 2) в Ульяновской области коциркулируют Orthohantavirus dobravaense (вирус Куркино) и Orthohantavirus puumalaense (вирус Пуумала).

Об авторах

Тимур Радикович Насыров

Институт фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»

Email: nasyrovtimur1@mail.ru
ORCID iD: 0009-0000-4116-0471

лаборант-исследователь НИЛ «OpenLab Генные и клеточные технологии»

Россия, 420008, Казань

Полина Игоревна Елбоева

Институт фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»

Email: polinaelboeva@mail.ru
ORCID iD: 0009-0001-2949-3289

младший научный сотрудник НИЛ «OpenLab Генные и клеточные технологии»

Россия, 420008, Казань

Екатерина Владимировна Мартынова

Институт фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»

Email: ignietferro.venivedivici@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-1537-3099

канд. мед. наук, ведущий научный сотрудник НИЛ «OpenLab Генные и клеточные технологии»

Россия, 420008, Казань

Олеся Викторовна Охлопкова

НИИ вирусологии ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины»

Автор, ответственный за переписку.
Email: ohlopkova.lesia@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8214-7828

канд. биол. наук, старший научный сотрудник

Россия, 630060, Новосибирск

Юрий Александрович Тюрин

ФГБОУ ВО «Казанский государственный медицинский университет» Минздрава России

Email: tyurin.yurii@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-2536-3604

д-р мед. наук, доцент, доцент кафедры биохимии и клинической лабораторной диагностики

Россия, 420012, Казань

Эммануэль Кабве

Институт фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»

Email: emmanuelkabwe@ymail.com
ORCID iD: 0000-0003-4328-8190

канд. биол. наук, старший научный сотрудник НИЛ «OpenLab Генные и клеточные технологии»

Россия, 420008, Казань

Юрий Николаевич Давидюк

Институт фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»

Email: davi.djuk@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-4409-2942

канд. биол. наук, доцент, старший научный сотрудник НИЛ «OpenLab Генные и клеточные технологии»

Россия, 420008, Казань

Список литературы

  1. Савицкая Т.А., Иванова А.В., Зубова А.А., Решетникова И.Д., Исаева Г.Ш., Трифонов В.А. и др. Хантавирусные болезни: обзор эпидемиологической ситуации в мире. Анализ эпидемиологической ситуации по геморрагической лихорадке с почечным синдромом в Российской Федерации в 2023 г. и прогноз на 2024 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2024; (1): 113–24. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2024-1-113-124 https://elibrary.ru/wvtews
  2. Tkachenko E., Dzagurova T., Galieva G., Ivanis V., Kurashova S., Tkachenko P., et al. Clinical manifestations of hemorrhagic fever with renal syndrome, various nosologic forms and issues of hantavirus infections terminology. Viruses. 2025; 17(4): 578. https://doi.org/10.3390/v17040578
  3. Морозов В.Г., Ишмухаметов А.А., Дзагурова Т.К., Ткаченко Е.А. Клинические особенности геморрагической лихорадки с почечным синдромом в России. Медицинский совет. 2017; (5): 156–61. https://doi.org/10.21518/2079-701X-2017-5-156-161 https://elibrary.ru/yorunb
  4. Plyusnin A., Vapalahti O., Vaheri A. Hantaviruses: genome structure, expression and evolution. J. Gen. Virol. 1996; 77 (Pt. 11): 2677–87. https://doi.org/10.1099/0022-1317-77-11-2677
  5. Papa A. Dobrava-Belgrade virus: phylogeny, epidemiology, disease. Antiviral. Res. 2012; 95(2): 104–17. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2012.05.011
  6. Schlegel M., Klempa B., Auste B., Bemmann M., Schmidt-Chanasit J., Büchner T., et al. Dobrava-Belgrade virus spillover infections, Germany. Emerg. Infect. Dis. 2009; 15(12): 2017–20. https://doi.org/10.3201/eid1512.090923
  7. Papa A., Nemirov K., Henttonen H., Niemimaa J., Antoniadis A., Vaheri A., et al. Isolation of Dobrava virus from Apodemus flavicollis in Greece. J. Clin. Microbiol. 2001; 39(6): 2291–3. https://doi.org/10.1128/JCM.39.6.2291-2293.2001
  8. Kolodziej M., Melgies A., Joniec-Wiechetek J., Michalski A., Nowakowska A., Pitucha G., et al. First molecular characterization of Dobrava-Belgrade virus found in Apodemus flavicollis in Poland. Ann. Agric. Environ. Med. 2018; 25(2): 368–73. https://doi.org/10.26444/aaem/90535
  9. Семижон П.А., Счесленок Е.П., Дубков Н.А., Сухоцкая Е.А., Столбунова К.А., Попов И.В. и др. Идентификация ортохантавирусов, впервые выявленных на территории Республики Беларусь. Вопросы вирусологии. 2025; 70(1): 87–98. https://doi.org/10.36233/0507-4088-292 https://elibrary.ru/rzopww
  10. Klempa B., Stanko M., Labuda M., Ulrich R., Meisel H., Krüger D.H. Central European Dobrava hantavirus isolate from a striped field mouse (Apodemus agrarius). J. Clin. Microbiol. 2005; 43(6): 2756–63. https://doi.org/10.1128/JCM.43.6.2756-2763.2005
  11. Klempa B., Tkachenko E.A., Dzagurova T.K., Yunicheva Y.V., Morozov V.G., Okulova N.M., et al. Hemorrhagic fever with renal syndrome caused by 2 lineages of Dobrava hantavirus, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2008; 14(4): 617–25. https://doi.org/10.3201/eid1404.071310
  12. Klempa B., Radosa L., Kruger D.H. The broad spectrum of hantaviruses and their hosts in Central Europe. Acta Virol. 2013; 57(2): 130–7. https://doi.org/10.4149/av_2013_02_130
  13. Garanina S.B., Platonov A.E., Zhuravlev V.I., Murashkina A.N., Yakimenko V.V., Korneev A.G., et al. Genetic diversity and geographic distribution of hantaviruses in Russia. Zoonoses Public Health. 2009; 56(6-7): 297–309. https://doi.org/10.1111/j.1863-2378.2008.01210.x
  14. Klempa B., Avsic-Zupanc T., Clement J., Dzagurova T.K., Henttonen H., Heyman P., et al. Complex evolution and epidemiology of Dobrava-Belgrade hantavirus: definition of genotypes and their characteristics. Arch. Virol. 2013; 158(3): 521–9. https://doi.org/10.1007/s00705-012-1514-5
  15. Dzagurova T.K., Klempa B., Tkachenko E.A., Slyusareva G.P., Morozov V.G, Auste B., et al. Molecular diagnostics of hemorrhagic fever with renal syndrome during a Dobrava virus infection outbreak in the European part of Russia. J. Clin. Microbiol. 2009; 47(12): 4029–36. https://doi.org/10.1128/JCM.01225-09
  16. Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11. Mol. Biol. Evol. 2021; 38(7): 3022–7. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
  17. Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Mol. Biol. Evol. 1993; 10(3): 512–26. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040023
  18. Tkachenko E., Kurashova S., Balkina A., Ivanov A., Egorova M., Leonovich O., et al. Cases of hemorrhagic fever with renal syndrome in Russia during 2000–2022. Viruses. 2023; 15(7): 1537. https://doi.org/10.3390/v15071537
  19. Avsic-Zupanc T., Xiao S.Y., Stojanovic R., Gligic A., van der Groen G., LeDuc J.W. Characterization of Dobrava virus: a Hantavirus from Slovenia, Yugoslavia. J. Med. Virol. 1992; 38(2): 132–7. https://doi.org/10.1002/jmv.1890380211
  20. Kabwe E., Al Sheikh W., Shamsutdinov A.F., Ismagilova R.K., Martynova E.V., Okhlopkova O.V., et al. Analysis of Puumala orthohantavirus genome variants identified in the territories of Volga Federal District. Trop. Med. Infect. Dis. 2022; 7(3): 46. https://doi.org/10.3390/tropicalmed7030046
  21. Мочалкин П.А., Акимкин В.Г., Углева С.В., Морозкин Е.С., Блинова Е.А., Сычева К.А. и др. Сочетанная циркуляция хантавирусов Пуумала, Тула, Сивис на территории Республики Башкортостан. Проблемы особо опасных инфекций. 2024; (2): 140–7. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2024-2-140-147 https://elibrary.ru/iukfus

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Насыров Т.Р., Елбоева П.И., Мартынова Е.В., Охлопкова О.В., Тюрин Ю.А., Кабве Э., Давидюк Ю.Н., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).