Детекция Liman tick virus (неклассифицированный представитель Chuviridae) в культуре клеток клещей HAE/CTVM8

Обложка
  • Авторы: Литов А.Г.1,2, Щетинин А.М.3, Холодилов И.С.1, Белова О.А.1, Калянова А.С.1, Гущин В.А.3,4, Карганова Г.Г.1,2
  • Учреждения:
    1. ФГАНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов имени М.П. Чумакова РАН» (Институт полиомиелита)
    2. Институт трансляционной медицины и биотехнологии ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)
    3. ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
    4. ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)
  • Выпуск: Том 70, № 2 (2025)
  • Страницы: 147-153
  • Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
  • URL: https://ogarev-online.ru/0507-4088/article/view/310653
  • DOI: https://doi.org/10.36233/0507-4088-283
  • EDN: https://elibrary.ru/hrnscv
  • ID: 310653

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Культуры клеток клещей широко используются для изучения биологии этих членистоногих и переносимых ими патогенов, в особенности вирусов. Большинство имеющихся в настоящее время культур клеток были получены из эмбриональных клеток клещей и могут быть инфицированы вирусами. Клеточная линия HAE/CTVM8, полученная из клещей Hyalomma anatolicum, часто используется для выделения переносимых клещами внутриклеточных инфекционных агентов.

Цель работы – изучение клеточной линии HAE/CTVM8 с помощью высокопроизводительного секвенирования с целью поиска вирусов в ней.

Материалы и методы. Культуральную жидкость клеток HAE/CTVM8 ультрацентрифугировали. Полученный осадок использовали для высокопроизводительного секвенирования после выделения РНК, реакции обратной транскрипции и синтеза второй цепи. Полученные прочтения фильтровали по длине и качеству в программе Trimmomatic, после чего собирали контиги с помощью программы SPAdes и анализировали их на присутствие вирусных последовательностей. Финальная сборка генома вируса осуществлялась в программе Ugene. Выравнивание последовательностей производили с использованием программы MAFFT. Построение филогенетических деревьев производилось с применением программы IQ-TREE.

Результаты. Выявлена персистенция одного вируса – Liman tick virus (LMTV) – в культуре клеток HAE/CTVM8. Филогенетически LMTV принадлежит новому семейству Chuviridae, состоящему из вирусов, обнаруженных с помощью высокопроизводительного секвенирования, вирусологическая характеристика которых отсутствует.

Заключение. Полученная в настоящем исследовании информация крайне важна для использования культуры клеток HAE/CTVM8 в научных исследованиях и изоляции новых вирусов. Наше исследование показывает, что клеточная линия HAE/CTVM8 с персистирующим в ней LMTV представляет собой готовую систему для изучения репродукции представителей семейства Chuviridae.

Об авторах

Александр Геннадьевич Литов

ФГАНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов имени М.П. Чумакова РАН» (Институт полиомиелита); Институт трансляционной медицины и биотехнологии ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)

Автор, ответственный за переписку.
Email: novosti-wxo@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-6086-3655

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории биологии арбовирусов 

Россия, 108819, г. Москва; 119991, г. Москва

Алексей Михайлович Щетинин

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: shchetinin.alexey@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1842-3899

научный сотрудник лаборатории механизмов популяционной изменчивости патогенных микроорганизмов 

Россия, 123098, г. Москва

Иван Сергеевич Холодилов

ФГАНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов имени М.П. Чумакова РАН» (Институт полиомиелита)

Email: ivan-kholodilov@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-3764-7081

канд. мед. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории биологии арбовирусов 

Россия, 108819, г. Москва

Оксана Андреевна Белова

ФГАНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов имени М.П. Чумакова РАН» (Институт полиомиелита)

Email: mikasusha@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-9040-0774

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории биологии арбовирусов 

Россия, 108819, г. Москва

Анна Сергеевна Калянова

ФГАНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов имени М.П. Чумакова РАН» (Институт полиомиелита)

Email: annakalyanova@bk.ru
ORCID iD: 0009-0003-1154-3852

младший научный сотрудник лаборатории биологии арбовирусов 

Россия, 108819, г. Москва

Владимир Алексеевич Гущин

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: wowaniada@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9397-3762

д-р биол. наук, ведущий научный сотрудник, заведующий лабораторией механизмов популяционной изменчивости патогенных микроорганизмов 

Россия, 123098, г. Москва; 119991, г. Москва

Галина Григорьевна Карганова

ФГАНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов имени М.П. Чумакова РАН» (Институт полиомиелита); Институт трансляционной медицины и биотехнологии ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: karganova@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-8901-6206

д-р биол. наук, профессор, ведущий научный сотрудник, заведующая лабораторией биологии арбовирусов 

Россия, 108819, г. Москва; 119991, г. Москва

Список литературы

  1. Marques A.R., Strle F., Wormser G.P. Comparison of Lyme disease in the United States and Europe. Emerg. Infect. Dis. 2021; 27(8): 2017–24. https://doi.org/10.3201/eid2708.204763
  2. Ruzek D., Avšič Županc T., Borde J., Chrdle A., Eyer L., Karganova G., et al. Tick-borne encephalitis in Europe and Russia: Review of pathogenesis, clinical features, therapy, and vaccines. Antiviral. Res. 2019; 164: 23–51. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2019.01.014
  3. Bell-Sakyi L., Zweygarth E., Blouin E.F., Gould E.A., Jongejan F. Tick cell lines: tools for tick and tick-borne disease research. Trends. Parasitol. 2007; 23(9): 450–7. https://doi.org/10.1016/j.pt.2007.07.009
  4. Mangia C., Vismarra A., Kramer L., Bell-Sakyi L., Porretta D., Otranto D., et al. Evaluation of the in vitro expression of ATP binding-cassette (ABC) proteins in an Ixodes ricinus cell line exposed to ivermectin. Parasit. Vectors. 2016; 9: 215. https://doi.org/10.1186/s13071-016-1497-2
  5. Kholodilov I.S., Litov A.G., Klimentov A.S., Belova O.A., Polienko A.E., Nikitin N.A., et al. Isolation and characterisation of Alongshan virus in Russia. Viruses. 2020; 12(4): 362. https://doi.org/10.3390/v12040362
  6. Palomar A.M., Premchand-Branker S., Alberdi P., Belova O.A., Moniuszko-Malinowska A., Kahl O., et al. Isolation of known and potentially pathogenic tick-borne microorganisms from European ixodid ticks using tick cell lines. Ticks Tick Borne Dis. 2019; 10(3): 628–38. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2019.02.008
  7. Husin N.A., Khoo J.J., Zulkifli M.M.S., Bell-Sakyi L., AbuBakar S. Replication kinetics of Rickettsia raoultii in tick cell lines. Microorganisms. 2021; 9(7): 1370. https://doi.org/10.3390/microorganisms9071370
  8. Salata C., Moutailler S., Attoui H., Zweygarth E., Decker L., Bell-Sakyi L. How relevant are in vitro culture models for study of tick-pathogen interactions? Pathog. Glob. Health. 2021; 115(7-8): 437–55. https://doi.org/10.1080/20477724.2021.1944539
  9. Bell-Sakyi L. Continuous cell lines from the tick Hyalomma anatolicum anatolicum. J. Parasitol. 1991; 77(6): 1006–8.
  10. Alberdi M.P., Dalby M.J., Rodriguez-Andres J., Fazakerley J.K., Kohl A., Bell-Sakyi L. Detection and identification of putative bacterial endosymbionts and endogenous viruses in tick cell lines. Ticks Tick Borne. Dis. 2012; 3(3): 137–46. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2012.05.002
  11. Attoui H., Stirling J.M., Munderloh U.G., Billoir F., Brookes S.M., Burroughs J.N., et al. Complete sequence characterization of the genome of the St Croix River virus, a new orbivirus isolated from cells of Ixodes scapularis. J. Gen. Virol. 2001; 82(Pt. 4): 795–804. https://doi.org/10.1099/0022-1317-82-4-795
  12. Litov A.G., Shchetinin A.M., Kholodilov I.S., Belova O.A., Gadzhikurbanov M.N., Ivannikova A.Y., et al. High-throughput sequencing reveals three rhabdoviruses persisting in the IRE/CTVM19 cell line. Viruses. 2024; 16(4): 576. https://doi.org/10.3390/v16040576
  13. Harvey E., Rose K., Eden J.S., Lo N., Abeyasuriya T., Shi M., et al. Extensive diversity of RNA viruses in Australian ticks. J. Virol. 2019; 93(3): e01358–18. https://doi.org/10.1128/JVI.01358-18
  14. Li C.X., Shi M., Tian J.H., Lin X.D., Kang Y.J., Chen L.J., et al. Unprecedented genomic diversity of RNA viruses in arthropods reveals the ancestry of negative-sense RNA viruses. Elife. 2015; 4: e05378. https://doi.org/10.7554/eLife.05378
  15. Ni X.B., Cui X.M., Liu J.Y., Ye R.Z., Wu Y.Q., Jiang J.F., et al. Metavirome of 31 tick species provides a compendium of 1,801 RNA virus genomes. Nat. Microbiol. 2023; 8(1): 162–73. https://doi.org/10.1038/s41564-022-01275-w
  16. Shi M., Lin X.D., Tian J.H., Chen L.J., Chen X., Li C.X., et al. Redefining the invertebrate RNA virosphere. Nature. 2016; 540(7634): 539–43. https://doi.org/10.1038/nature20167
  17. Kuhn J.H., Dheilly N.M., Junglen S., Paraskevopoulou S., Shi M., Di Paola N. ICTV virus taxonomy profile: Jingchuvirales 2023. J. Gen. Virol. 2023; 104(12): 001924. https://doi.org/10.1099/jgv.0.001924
  18. Kholodilov I.S., Belova O.A., Ivannikova A.Y., Gadzhikurbanov M.N., Makenov M.T., Yakovlev A.S., et al. Distribution and characterisation of tick-borne flavi-, flavi-like, and phenuiviruses in the Chelyabinsk region of Russia. Viruses. 2022; 14(12): 2699. https://doi.org/10.3390/v14122699
  19. Salata C., Monteil V., Karlberg H., Celestino M., Devignot S., Leijon M., et al. The DEVD motif of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein is essential for viral replication in tick cells. Emerg. Microbes Infect. 2018; 7(1): 190. https://doi.org/10.1038/s41426-018-0192-0
  20. Salvati M.V., Salaris C., Monteil V., Del Vecchio C., Palù G., Parolin C., et al. Virus-derived DNA forms mediate the persistent infection of tick cells by Hazara virus and Crimean-Congo hemorrhagic fever virus. J. Virol. 2021; 95(24): e0163821. https://doi.org/10.1128/JVI.01638-21
  21. Kholodilov I.S., Belova O.A., Morozkin E.S., Litov A.G., Ivannikova A.Y., Makenov M.T., et al. Geographical and tick-dependent distribution of flavi-like Alongshan and Yanggou tick viruses in Russia. Viruses. 2021; 13(3): 458. https://doi.org/10.3390/v13030458
  22. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014; 30(15): 2114–20. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
  23. Lo C.C., Chain P.S. Rapid evaluation and quality control of next generation sequencing data with FaQCs. BMC Bioinformatics. 2014; 15(1): 366. https://doi.org/10.1186/s12859-014-0366-2
  24. Litov A.G., Semenyuk I.I., Belova O.A., Polienko A.E., Thinh N.V., Karganova G.G., et al. Extensive diversity of viruses in millipedes collected in the Dong Nai biosphere reserve (Vietnam). Viruses. 2024; 16(9): 1486. https://doi.org/10.3390/v16091486
  25. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28(8): 1166–7. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091
  26. Katoh K., Standley D.M. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(4): 772–80. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010
  27. Capella-Gutiérrez S., Silla-Martínez J.M., Gabaldón T. trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics. 2009; 25(15): 1972–3. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp348
  28. Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol. Biol. Evol. 2015; 32(1): 268–74. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300
  29. Kalyaanamoorthy S., Minh B.Q., Wong T.K.F., von Haeseler A., Jermiin L.S. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nat. Methods. 2017; 14(6): 587–9. https://doi.org/10.1038/nmeth.4285
  30. Zhang Y., Hu B., Agwanda B., Fang Y., Wang J., Kuria S., et al. Viromes and surveys of RNA viruses in camel-derived ticks revealing transmission patterns of novel tick-borne viral pathogens in Kenya. Emerg. Microbes Infect. 2021; 10(1): 1975–87. https://doi.org/10.1080/22221751.2021.1986428
  31. Abrao E.P., da Fonseca B.A. Infection of mosquito cells (C6/36) by Dengue-2 virus interferes with subsequent infection by yellow fever virus. Vector. Borne Zoonotic Dis. 2016; 16(2): 124–30. https://doi.org/10.1089/vbz.2015.1804
  32. Kuwata R., Isawa H., Hoshino K., Sasaki T., Kobayashi M., Maeda K., et al. Analysis of mosquito-borne flavivirus superinfection in Culex tritaeniorhynchus (Diptera: Culicidae) cells persistently infected with Culex flavivirus (Flaviviridae). J. Med. Entomol. 2015; 52(2): 222–9. https://doi.org/10.1093/jme/tju059
  33. Patterson E.I., Kautz T.F., Contreras-Gutierrez M.A., Guzman H., Tesh R.B., Hughes G.L., et al. Negeviruses reduce replication of alphaviruses during coinfection. J. Virol. 2021; 95(14): e0043321. https://doi.org/10.1128/JVI.00433-21

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рисунок. Структура генома и филогенетические взаимоотношения вируса Liman tick.

Скачать (604KB)
Метаданные

© Литов А.Г., Щетинин А.М., Холодилов И.С., Белова О.А., Калянова А.С., Гущин В.А., Карганова Г.Г., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».