Молекулярно-биологические свойства изолята вируса африканской чумы свиней (Asfarviridae: Asfivirus) ASF/Tatarstan 20/WB-12276

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Успех искоренения африканской чумы свиней (АЧС) в неблагополучной стране в целом или конкретном регионе в частности зависит от многих факторов, включая наличие актуальных данных о циркулирующих изолятах возбудителя.

Цель работы – охарактеризовать молекулярно-биологические свойства изолята вируса АЧС ASF/Tatarstan 20/WB-12276 и провести его сравнительный анализ с изолятами из Европы и Азии.

Материалы и методы. При проведении биологической пробы использовали 8 голов свиней крупной белой породы массой 15–20 кг/гол. Исследования на наличие специфических антител к вирусу АЧС в образцах сыворотки крови проводили иммуноферментным и иммунопероксидазным методами, генома возбудителя – методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Выделение изолята вируса АЧС ASF/Tatarstan 20/WB-12276 и определение титра вируса осуществляли в культуре клеток селезенки свиней. Секвенирование маркерных областей генома изолята выполняли по методу Сэнгера.

Результаты. В ходе работы вирус был охарактеризован как высоковирулентный, способный вызывать АЧС от острой до подострой формы. Выявленные при проведении филогенетического анализа (по маркерам IGR/I73R-I329L и I267L) замены в геноме изолята ASF/Tatarstan 20/WB-12276 позволили объединить изучаемый вариант с изолятами, распространенными на большей части Европы и Азии.

Заключение. Впервые изучены молекулярно-биологические свойства изолята вируса АЧС ASF/Tatarstan 20/WB-12276, выделенного из селезенки от отстрелянного дикого кабана на территории Республики Татарстан.

Об авторах

Андрей Романович Шотин

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Автор, ответственный за переписку.
Email: shotin@arriah.ru
ORCID iD: 0000-0001-9884-1841

кандидат ветеринарных наук, научный сотрудник референтной лаборатории по африканской чуме свиней

Россия, 600901, г. Владимир

Роман Сергеевич Чернышев

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Email: chernishev_rs@arriah.ru
ORCID iD: 0000-0003-3604-7161

аспирант, ветеринарный врач референтной лаборатории по африканской чуме свиней

Россия, 600901, г. Владимир

Елизавета Олеговна Морозова

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Email: morozova_eo@arriah.ru
ORCID iD: 0000-0002-0955-9586

аспирант, биолог референтной лаборатории по африканской чуме свиней

Россия, 600901, г. Владимир

Алексей Сергеевич Иголкин

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Email: igolkin_as@arriah.ru
ORCID iD: 0000-0002-5438-8026

кандидат ветеринарных наук, заведующий референтной лабораторией по африканской чуме свиней

Россия, 600901, г. Владимир

Константин Николаевич Груздев

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Email: gruzdev@arriah.ru
ORCID iD: 0000-0003-3159-1969

доктор биологических наук, профессор, главный научный сотрудник информационно-аналитического центра

Россия, 600901, г. Владимир

Иван Сергеевич Колбин

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Email: kolbin@arriah.ru
ORCID iD: 0000-0003-4692-1297

аспирант, ветеринарный врач референтной лаборатории по африканской чуме свиней

Россия, 600901, г. Владимир

Иван Андреевич Лаврентьев

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Email: lavrentev@arriah.ru
ORCID iD: 0009-0003-0552-3812

аспирант, ведущий ветеринарный врач референтной лаборатории по африканской чуме свиней

Россия, 600901, г. Владимир

Али Мазлум

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных»

Email: mazlum@arriah.ru
ORCID iD: 0000-0002-5982-8393

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник референтной лаборатории по африканской чуме свиней

Россия, 600901, г. Владимир

Список литературы

  1. Иголкин А.С., Караулов А.К., Груздев К.Н. Африканская чума свиней, 2020 г. В кн.: Труды Всероссийского НИИ экспериментальной ветеринарии им. Я.Р. Коваленко. Том 82. М.; 2021: 58–64. https://doi.org/10.31016/viev-2021-18-8
  2. Шотин А.Р., Жуков И.Ю., Першин А.С., Мазлум А., Шевченко И.В., Иголкин А.С. и др. Влияние условий хранения сывороток крови свиней на выявление антител к вирусу АЧС методом ИФА. Ветеринария сегодня. 2021; (3): 216–23. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2021-3-38-216-223 https://elibrary.ru/sfvomt
  3. Шотин А.Р., Иголкин А.С., Мазлум А., Шевченко И.В., Бардина Н.С., Морозова Е.О. и др. Африканская чума свиней в Приморском крае: эпизоотическая ситуация и молекулярно-биологические свойства изолята, выделенного из трубчатой кости от дикого кабана. Ветеринария сегодня. 2022; 11(4): 347–58. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2022-11-4-347-358 https://elibrary.ru/uhggjy
  4. Балышев В.М., Власов М.Е., Иматдинов А.Р., Титов И.А., Моргунов С.Ю., Малоголовкин А.С. Биологические свойства и молекулярно-генетическая характеристика вируса африканской чумы свиней, выделенного в 2016-2017 гг. в различных регионах Российской Федерации. Российская сельскохозяйственная наука. 2018; (4): 54–7. https://doi.org/10.31857/S250026270000536-4 https://elibrary.ru/yamjtn
  5. Болгова М.В., Моргунов Ю.П., Васильев А.П., Балышев В.М. Биологические свойства изолятов вируса африканской чумы свиней, выделенных в Российской Федерации в 2012 г. Актуальные вопросы ветеринарной биологии. 2013; (4): 26–30. https://elibrary.ru/rppyxf
  6. Власов М.Е., Сибгатуллова А.К., Балышев В.М. Особенности течения африканской чумы у свиней, инфицированных изолятами вируса АЧС, выделенными в Российской Федерации. Ветеринария. 2019; (4): 15–9. https://doi.org/10.30896/0042-4846.2019.22.4.15-19 https://elibrary.ru/eohxkh
  7. Власов М.Е. Клинические проявления болезни и патологоанатомические изменения у свиней, инфицированных изолятами вируса АЧС, выделенными от кабанов. Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. 2017; (134): 1055–65. https://doi.org/10.21515/1990-4665-134-086 https://elibrary.ru/ynwynm
  8. Pershin A., Shevchenko I., Igolkin A., Zhukov I., Mazloum A., Aronova E., et al. A long-term study of the biological properties of ASF virus isolates originating from various regions of the Russian Federation in 2013–2018. Vet. Sci. 2019; 6(4): 99. https://doi.org/10.3390/vetsci6040099 https://elibrary.ru/eybfvu
  9. Ремыга С.Г., Першин А.С., Шевченко И.В., Иголкин А.С., Шевцов А.А. Клинические и патологоанатомические изменения у диких европейских кабанов и домашних свиней при заражении вирусом африканской чумы свиней. Ветеринария сегодня. 2016; (3): 46–51. https://elibrary.ru/wwrlmf
  10. Жуков И.Ю. Биологические свойства изолятов вируса африканской чумы свиней и особенности течения болезни при экспериментальном заражении: Автореф. дисс. … канд. биол. наук. Владимир; 2018.
  11. Шевченко И.В. Биологические свойства и анализ полных геномов российских изолятов вируса африканской чумы свиней, выделенных в 2013-2014 гг.: Автореф. дисс. … канд. биол. наук. Владимир; 2017.
  12. Events management / WAHIS / https://wahis.woah.org/#/event-management (дата обращения: 06.02.2022).
  13. Desmecht D., Gerbier G., Gortázar Schmidt C., Grigaliuniene V., Helyes G., Kantere M., et al. Epidemiological analysis of African swine fever in the European Union (September 2019 to August 2020). EFSA J. 2021; 19(5): e06572. https://doi.org/10.2903/j.efsa.2021.6572
  14. Караулов А.К., Шевцов А.А., Петрова О.Н., Коренной Ф.И., Гуленкин В.М. Эпизоотия АЧС на территории Российской Федерации: прогноз развития ситуации на 2021 год и рекомендации по мерам ее сдерживания. БИО. 2021; (2): 14–21. https://elibrary.ru/jqnqdk
  15. Петрова О.Н., Коренной Ф.И., Караулов А.К. Эпизоотия африканской чумы свиней на территории Российской Федерации: оценка ущерба на основании обобщенных данных об эпизоотической ситуации за 2007–2020 гг. БИО. 2021; (3): 18–22. https://elibrary.ru/afppww
  16. Mazloum A., van Schalkwyk A., Chernyshev R., Igolkin A., Heath L., Sprygin A. A guide to molecular characterization of genotype II African swine fever virus: essential and alternative genome markers. Microorganisms. 2023; 11(3): 642. https://doi.org/10.3390/microorganisms11030642
  17. Vilem A., Nurmoja I., Niine T., Riit T., Nieto R., Viltrop A., et al. Molecular characterization of African swine fever virus isolates in Estonia in 2014–2019. Pathogens. 2020; 9(7): 582. https://doi.org/10.3390/pathogens9070582
  18. Phologane S.B., Bastos A.D., Penrith M.L. Intra- and inter-genotypic size variation in the central variable region of the 9RL open reading frame of diverse African swine fever viruses. Virus Genes. 2005; 31(3): 357–60. https://doi.org/10.1007/s11262-005-3254-z
  19. Nix R.J., Gallardo C., Hutchings G., Blanco E., Dixon L.K. Molecular epidemiology of African swine fever virus studied by analysis of four variable genome regions. Arch. Virol. 2006; 151(12): 2475–94. https://doi.org/10.1007/s00705-006-0794-z
  20. Rowlands R.J., Michaud V., Heath L., Hutchings G., Oura C., Vosloo W., et al. African swine fever virus isolate, Georgia, 2007. Emerg. Infect. Dis. 2008; 14(12): 1870–4. https://doi.org/10.3201/eid1412.080591
  21. Gallardo C., Mwaengo D.M., Macharia J.M., Arias M., Taracha E.A., Soler A., et al. Enhanced discrimination of African swine fever virus isolates through nucleotide sequencing of the p54, p72, and pB602L (CVR) genes. Virus Genes. 2009; 38(1): 85–95. https://doi.org/10.1007/s11262-008-0293-2
  22. Lubisi B.A., Bastos A.D., Dwarka R.M., Vosloo W. Intra-genotypic resolution of African swine fever viruses from an East African domestic pig cycle: a combined p72-CVR approach. Virus Genes. 2007; 35(3): 729–35. https://doi.org/10.1007/s11262-007-0148-2
  23. Sidi M., Zerbo H.L., Ouoba B.L., Settypalli T.B.K., Bazimo G., Ouandaogo H.S., et al. Molecular characterization of African swine fever viruses from Burkina Faso, 2018. BMC Vet. Res. 2022; 18(1): 69. https://doi.org/10.1186/s12917-022-03166-y
  24. Mazloum A., Van Schalkwyk A., Chernyshev R., Shotin A., Korennoy F.I., Igolkin A., et al. Genetic characterization of the central variable region in African swine fever virus isolates in the Russian Federation from 2013 to 2017. Pathogens. 2022; 11(8): 919. https://doi.org/10.3390/pathogens11080919 https://elibrary.ru/ojluot
  25. Mazur-Panasiuk N., Walczak M., Juszkiewicz M., Woźniakowski G. The spillover of African swine fever in western Poland revealed its estimated origin on the basis of O174L, K145R, MGF 505-5R and IGR I73R/I329L genomic sequences. Viruses. 2020; 12(10): 1094. https://doi.org/10.3390/v12101094
  26. Shi K., Liu H., Yin Y., Si H., Long F., Feng S. Molecular characterization of African swine fever virus from 2019-2020 outbreaks in Guangxi province, Southern China. Front. Vet. Sci. 2022; 9: 912224. https://doi.org/10.3389/fvets.2022.912224.
  27. Mazur-Panasiuk N., Woźniakowski G. The unique genetic variation within the O174L gene of Polish strains of African swine fever virus facilitates tracking virus origin. Arch. Virol. 2019; 164(6): 1667–72. https://doi.org/10.1007/s00705-019-04224-x
  28. Mazloum A., van Schalkwyk A., Shotin A., Zinyakov N., Igolkin A., Chernishev R., et al. Whole-genome sequencing of African swine fever virus from wild boars in the Kaliningrad region reveals unique and distinguishing genomic mutations. Front. Vet. Sci. 2023; 9: 1019808. https://doi.org/10.3389/fvets.2022.1019808.
  29. Mazloum A., van Schalkwyk A., Shotin A., Igolkin A., Shevchenko I., Gruzdev K.N., et al. Comparative analysis of full genome sequences of African swine fever virus isolates taken from wild boars in Russia in 2019. Pathogens. 2021; 10(5): 521. https://doi.org/10.3390/pathogens10050521 https://elibrary.ru/mwsggz
  30. Zhang Y., Ke J., Zhang J., Yue H., Chen T., Li Q., et al. I267L is neither the virulence- nor the replication-related gene of African swine fever virus and its deletant is an ideal fluorescent-tagged virulence strain. Viruses. 2021; 14(1): 53. https://doi.org/10.3390/v14010053
  31. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
  32. Балышев В.М., Куриннов В.В., Цыбанов С.Ж., Калантаенко Ю.Ф., Колбасов Д.В., Пронин В.В. и др. Биологические свойства вируса африканской чумы свиней, выделенного в Российской Федерации. Ветеринария. 2010; (7): 25–7. https://elibrary.ru/msrezn
  33. Gallardo M.C., Reoyo A.T., Fernández-Pinero J., Iglesias I., Muñoz M.J., Arias M.L. African swine fever: a global view of the current challenge. Porcine Health Manag. 2015; 1: 21. https://doi.org/10.1186/s40813-015-0013-y
  34. Gallardo C., Fernández-Pinero J., Arias M. African swine fever (ASF) diagnosis, an essential tool in the epidemiological investigation. Virus Res. 2019; 271: 197676. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2019.197676
  35. Gap Analysis Report. Global African Swine Fever; 2018. Available at: https://www.ars.usda.gov/ARSUserFiles/np103/SymposiumWorkshopsMeetings/GARA%20Gap%20Analysis%20Report%202018%2011-11-18.pdf
  36. Mur L., Igolkin A., Varentsova A., Pershin A., Remyga S., Shevchenko I., et al. Detection of African swine fever antibodies in experimental and field samples from the Russian Federation: implications for control. Transbound. Emerg. Dis. 2016; 63(5): e436–40. https://doi.org/10.1111/tbed.12304 https://elibrary.ru/xslmnr
  37. OIE Terrestrial Manual. Chapter 3.8. 1. African swine fever (infection with African swine fever virus). OIE; 2019.
  38. Gervasi V., Marcon A., Bellini S., Guberti V. Evaluation of the efficiency of active and passive surveillance in the detection of African swine fever in wild boar. Vet. Sci. 2019; 7(1): 5. https://doi.org/10.3390/vetsci70100055

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Приложение №1
Скачать (246KB)
Метаданные
3. Рис. 1. Показатели термометрии и результаты исследования проб крови зараженных свиней (№№ 1–3) методами ПЦР-РВ и ТФ-ИФА (n = 3). † – даты падежа; горизонтальной линией по оси ординат отмечена граница физиологической нормы температуры (40,0 °С); столбцы показывают значение Ct при постановке ПЦР-РВ.

Скачать (312KB)
Метаданные
4. Рис. 2. Показатели термометрии и результаты исследования проб крови зараженных свиней (№№ 4–6) методами ПЦР-РВ, ТФ-ИФА и ИПМ (n = 3). † – даты падежа; горизонтальной линией по оси ординат отмечена граница физиологической нормы температуры (40,0 °С); столбцы показывают значение Ct при постановке ПЦР-РВ; вертикальными пунктирными линиями отмечены даты первого положительного результата в ИПМ.

Скачать (334KB)
Метаданные
5. Рис. 3. Показатели термометрии и результаты исследования проб крови контактных свиней (№№ 7, 8) методами ПЦР-РВ, ТФ-ИФА и ИПМ (n = 3). † – даты падежа; горизонтальной линией по оси ординат отмечена граница физиологической нормы температуры (40,0 °С); столбцы показывают значение Ct при постановке ПЦР-РВ; вертикальными пунктирными линиями отмечены даты первого положительного результата в ИПМ.

Скачать (245KB)
Метаданные

© Шотин А.Р., Чернышев Р.С., Морозова Е.О., Иголкин А.С., Груздев К.Н., Колбин И.С., Лаврентьев И.А., Мазлум А., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».