Создание линии индуцированных плюрипотентных стволовых клеток RCPCMi009-A-1 с нокаутом гена UBE2A с помощью технологии редактирования генома CRISPR/Cas9

Обложка
  • Авторы: Хомякова Е.А.1, Федоренко А.В.1,2, Сурдина А.В.1, Воловиков Е.А.1,3, Беликова Л.Д.1,3, Зеркаленкова Е.А.4, Лагарькова М.А.1,5, Богомазова А.Н.1,3,5
  • Учреждения:
    1. Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина
    2. Сколковский институт науки и технологий
    3. Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
    4. Федеральный научно-клинический центр детской гематологии, онкологии и иммунологии им. Рогачева
    5. Центр высокоточного редактирования генома и генетических технологий в биомедицине, Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина
  • Выпуск: Том 54, № 6 (2023)
  • Страницы: 405-414
  • Раздел: КОЛЛЕКЦИЯ ЛИНИЙ ПЛЮРИПОТЕНТНЫХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК
  • URL: https://ogarev-online.ru/0475-1450/article/view/232037
  • DOI: https://doi.org/10.31857/S0475145023060046
  • EDN: https://elibrary.ru/HKXTMY
  • ID: 232037

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Делеции и мутации в гене UBE2A вызывают Х-сцепленный синдром умственной отсталости типа Насименто, впервые описанный в 2006 г. (Nascimento et al., 2006). На настоящий момент известно около двух десятков миссенс- и нонсенс-мутаций в гене UBE2A, ассоциированных с синдромом умственной отсталости по типу Насименто (Cordeddu et al., 2020). Для изучения роли гена UBE2A в развитии центральной нервной системы мы создали линию индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК) человека с нокаутом гена UBE2A (RCPCMi009-A-1) с использованием технологии редактирования генома CRISPR/Cas9. Нокаут гена UBE2A был подтвержден Вестерн-блоттингом. Плюрипотентность линии ИПСК RCPCMi009-A-1 была подтверждена типичной морфологией плюрипотентных стволовых клеток, нормальным кариотипом (46,XY), экспрессией маркеров плюрипотентности и способностью дифференцироваться в производные трех зародышевых листков.

Об авторах

Е. А. Хомякова

Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина

Автор, ответственный за переписку.
Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а

А. В. Федоренко

Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина; Сколковский институт науки и технологий

Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а; Россия, 121205, Москва, Большой бул., 30, стр. 1

А. В. Сурдина

Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина

Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а

Е. А. Воловиков

Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина; Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а; Россия, 634050, Томск, пер. Кооперативный, 5

Л. Д. Беликова

Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина; Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а; Россия, 634050, Томск, пер. Кооперативный, 5

Е. А. Зеркаленкова

Федеральный научно-клинический центр детской гематологии, онкологии и иммунологии им. Рогачева

Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 117997, Москва, ул. Саморы Машела, 1

М. А. Лагарькова

Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина; Центр высокоточного редактирования генома и генетических технологий в биомедицине,
Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина

Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а; Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а

А. Н. Богомазова

Федеральное государственное бюджетное учреждение Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина; Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; Центр высокоточного редактирования генома и генетических технологий в биомедицине,
Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина

Email: kate.hom@gmail.com
Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а; Россия, 634050, Томск, пер. Кооперативный, 5; Россия, 119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а

Список литературы

  1. Bogomazova A.N., Lagarkova M.A., Tskhovrebova L.V. et al. Error-prone nonhomologous end joining repair operates in human pluripotent stem cells during late G2 // Aging (Albany NY). 2011. V. 3. № 6. P. 584.
  2. Concordet J.P., Haeussler M. CRISPOR: intuitive guide selection for CRISPR/Cas9 genome editing experiments and screens // Nucleic Acids Research. 2018. V. 46. № W1. P. W242–W245.
  3. Czepulkowski B., Bhatt B., Rooney D. Malignancy and acquired abnormalities. Vol. 2. Oxford University Press. New York. 1992. V. 2. P. 1–25.
  4. Dover J., Schneider J., Tawiah-Boateng M.A. et al. Methylation of histone H3 by COMPASS requires ubiquitination of histone H2B by Rad6 // J. Biological Chemistry. 2002. V. 277. № 32. P. 28368–28371.
  5. Hibbert R.G., Huang A., Boelens R. et al. E3 ligase Rad18 promotes monoubiquitination rather than ubiquitin chain formation by E2 enzyme Rad6 // Proceedings of the National Academy of Sciences. 2011. V. 108. № 14. P. 5590–5595.
  6. Holmqvist S., Lehtonen Š., Chumarina M. et al. Creation of a library of induced pluripotent stem cells from Parkinsonian patients // npj Parkinson’s Disease. 2016. V. 2. № 1. P. 1–10.
  7. Nascimento R.M., Otto P.A., de Brouwer A.P. et al. UBE2A, which encodes a ubiquitin-conjugating enzyme, is mutated in a novel X-linked mental retardation syndrome // The American J. Human Genetics. 2006. V. 79. № 3. P. 549–555.
  8. Pliatsika V., Rigoutsos I. “Off-Spotter”: very fast and exhaustive enumeration of genomic lookalikes for designing CRISPR/Cas guide RNAs // Biology Direct. 2015. V. 10. P. 1–10.
  9. Van Kuppeveld F.J., Van der Logt J.T., Angulo A.F. et al. Genus-and species-specific identification of mycoplasmas by 16S rRNA amplification // Applied and Environmental Microbiology. 1992. V. 58. № 8. P. 2606–2615.
  10. Wojcik F., Dann G.P., Beh L.Y. et al. Functional crosstalk between histone H2B ubiquitylation and H2A modifications and variants // Nature Communications. 2018. V. 9. № 1. P 1–11.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (2MB)
Метаданные
3.

Скачать (1MB)
Метаданные

© Е.А. Хомякова, А.В. Федоренко, А.В. Сурдина, Е.А. Воловиков, Л.Д. Беликова, Е.А. Зеркаленкова, М.А. Лагарькова, А.Н. Богомазова, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».