Развитие идеи Н.К. Кольцова о генетической организации междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

В работе впервые исследовали организацию промоторов генов развития и генов, необходимых для общеклеточных функций – “домашнего хозяйства” клетки в полном геноме Drosophila melanogaster. С помощью биоинформатических методов показано, что гены, промоторы которых расположены в междисках политенных хромосом, обогащены функциями, связанными с общеклеточными процессами, тогда как остальная часть генов (примерно половина генома Drosophila) связана с узкоспециализированными процессами, происходящими в ходе развития. В промоторной зоне генов “домашнего хозяйства” обнаружено четыре специфичных мотива, которые могут присутствовать у разных генов индивидуально или в различных комбинациях. Существенная часть междисковых промоторов не содержит выявленных мотивов. Анализ, проведенный с помощью Gene Ontology, показал, что для отдельных групп междисковых генов, содержащих в промоторах один мотив или их комбинации, характерно выполнение определенных функций.

Об авторах

И. Ф. Жимулев

Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: zhimulev@mcb.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, просп. ак. Лаврентьева, 8/2

Т. Ю. Ватолина

Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН

Email: zhimulev@mcb.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, просп. ак. Лаврентьева, 8/2

В. Г. Левицкий

Институт цитологии и генетики СО РАН

Email: zhimulev@mcb.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, просп. ак. Лаврентьева, 10

Т. Д. Колесникова

Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН

Email: zhimulev@mcb.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, просп. ак. Лаврентьева, 8/2

А. В. Цуканов

Институт цитологии и генетики СО РАН

Email: zhimulev@mcb.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, просп. ак. Лаврентьева, 10

Список литературы

  1. Andersson R., Sandelin A. Determinants of enhancer and promoter activities of regulatory elements // Nat. Rev. Genet. 2020. V. 21. P. 71–87.
  2. Crick F. General model for the chromosomes of higher organisms // Nature. 1971. V. 234. P. 25–27.
  3. Danino Y.M., Even D., Ideses D. et al. The core promoter: At the heart of gene expression // Biochim. Biophys. Acta. 2015. V. 1849(8). P. 1116–1131.
  4. Koltzoff N.K. The structure of the chromosomes in the salivary glands of Drosophila // Science. 1934. V. 60. P. 312–313.
  5. Lenhard B., Sandelin A., Carninci P. Metazoan promoters: emerging characteristics and insights into transcriptional regulation // Nat. Rev. Genet. 2012. V. 13(4). P. 233–245.
  6. Levitsky V.G., Zykova T.Yu., Moshkin Y.M., Zhimulev I.F. Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes // International J. Molecular Sciences. 2020. V. 21(23). P. 9282.
  7. Paul J. General theory of chromosomes structures and gene activation in eukaryotes // Nature. 1972. V. 238. P. 444–446.
  8. Ramalingam V., Natarajan M., Johnston J. et al. TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics // Mol. Syst. Biol. 2021. V. 17. P. e9866.
  9. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. Proposals to the problem of structural and functional organization of polytene chromosomes // Theor. Appl. Genet. 1975. V. 45(8). P. 335–340.
  10. Zhimulev I.F., Zykova T.Yu., Goncharov F.P. et al. Genetic organization of polytene chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster // PLoS One. 2014. V. 9(7). P. e101631.
  11. Zykova T.Yu., Levitsky V.G., Belyaeva E.S. et al. Polytene chromosomes – a portrait of functional organization of the Drosophila genome // Curr. Genomics. 2018. V. 19(3). P. 179–191.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (257KB)
Метаданные

© И.Ф. Жимулев, Т.Ю. Ватолина, В.Г. Левицкий, Т.Д. Колесникова, А.В. Цуканов, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».