Набор самосогласованных параметров потенциала Леннард–Джонса для молекулярно-динамического моделирования боросиликатных стекол

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Разработана модель силового поля для высокопроизводительного молекулярно-динамического моделирования неорганических оксидных материалов, в том числе боросиликатных стекол, основанное на сочетании электростатических взаимодействий с потенциалами Леннард–Джонса вида 6–12. Параметры силового поля подбирались так, чтобы воспроизводить структуру и объемный модуль всестороннего сжатия бинарных оксидов широкого набора элементов. Предлагаемое силовое поле способно с высокой точностью воспроизводить структуры минералов, содержащих от двух до трех видов катионов, при их молекулярно-динамическом моделировании. Применение потенциала 6–12 обеспечивает совместимость разработанной модели силового поля с силовыми полями для органических соединений по типу дисперсионного взаимодействия, что позволяет использовать его при совместном моделировании органических и неорганических фаз, например, при моделировании композитных материалов с минеральными и стеклянными наполнителями.

Об авторах

Г. И. Макаров

Южно-Уральский государственный университет

Email: makarovgi@susu.ru
Россия, 454080, Челябинск, пр. Ленина, 76

К. С. Шилкова

Южно-Уральский государственный университет

Email: makarovgi@susu.ru
Россия, 454080, Челябинск, пр. Ленина, 76

А. В. Шунайлов

Южно-Уральский государственный университет

Email: makarovgi@susu.ru
Россия, 454080, Челябинск, пр. Ленина, 76

П. В. Павлов

Южно-Уральский государственный университет

Email: makarovgi@susu.ru
Россия, 454080, Челябинск, пр. Ленина, 76

Т. М. Макарова

Южно-Уральский государственный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: makarovgi@susu.ru
Россия, 454080, Челябинск, пр. Ленина, 76

Список литературы

  1. Ma M., Li H., Xiong Y., Dong F. Rational design, synthesis, and application of silica/graphene-based nanocomposite: A review // Materials & Design, 2021. V. 198. P. 109367.
  2. van Beest B.W.H., Kramer G.J., van Santen R.A. Force fields for silicas and aluminophosphates based on ab initio calculations // Physical Review Letters. 1990. V. 64. P. 1955–1958.
  3. Hu Y.-J., Zhao G., Zhang M., Bin B., Del Rose T., Zhao Q., Zu Q., Chen Y., Sun X., de Jong M., Qi L. Predicting densities and elastic moduli of SiO2-based glasses by machine learning // npj Computational Materials, 2020. V. 6. P. 25.
  4. Goodman B.J. A Study of Vitrified Nuclear Wasteforms by Molecular Dynamics, Electron Microscopy and Raman Spectroscopy. University of Kent, 2015. Master thesis. 143 p.
  5. Pedone A., Malavasi G., Menziani M.C., Cormack A.N., Segre U. A new self-consistent empirical interatomic potential model for oxides, silicates, and silica-based glasses // J. Physical Chemistry B. 2006. V. 110. P. 11780–11795.
  6. Mishnev M., Korolev A., Bartashevich E., Ulrikh D. Effect of long-term thermal relaxation of epoxy binder on thermoelasticity of fiberglass plastics: multiscale modeling and experiments // Polymers. V. 14. P. 1712.
  7. Wang J., Wolf R.M., Caldwell J.W., Kollman P.A., Case D.A. Development and testing of a general amber force field // J. Comput. Chem. 2004. V. 25. P. 1157–1174.
  8. Soares T.A., Hünenberger P.H., Kastenholz M.A., Kräutler V., Lenz T., Lins R.D., Oostenbrink C., van Gunsteren W.F. An improved nucleic acid parameter set for the GROMOS force field // J. Comput. Chem., 2005. V. 26. P. 725–737.
  9. Vanommeslaeghe K., Raman E.P., MacKerell A.D. Jr. Automation of the CHARMM General Force Field (CGenFF) II: Assignment of bonded parameters and partial atomic charges // J. Chemical Information and Modeling. 2012. V. 52. P. 3155–3168.
  10. Wennberg C.L., Murtola T., Hess B., Lindahl E. Lennard–Jones lattice summation in bilayer simulations has critical effects on surface tension and lipid properties // J. Chem. Theory Comput. 2013. V. 9. P. 3527–3537.
  11. Heinz H., Lin T.-J., Mishra R.K., Emami F.S. Thermodynamically consistent force fields for the assembly of inorganic, organic, and biological nanostructures: The INTERFACE force field // Langmuir. 2013. V. 29. P. 1754–1765.
  12. Tsuneyuki S., Tsukada M., Aoki H., Matsui Y. First-principles interatomic potential of silica applied to molecular dynamics // Physical Review Letters, 1988. V. 61. P. 869–872.
  13. Vaitkus A., Merkys A., Gražulis S. Validation of the Crystallography Open Database using the Crystallographic Information Framework // J. Applied Crystallography, 2021. V. 54. P. 661–672.
  14. Smyth J.R., Jacobsen S.D., Hazen R.M. Comparative Crystal Chemistry of Dense Oxide Minerals // Reviews in Mineralogy and Geochemistry, 2000. V. 41. P. 157–186.
  15. Gale J.D., Rohl A.L. The General Utility Lattice Program (GULP) // Molecular Simulation, 2003. V. 29. P. 291–341.
  16. Abraham M., Murtola T., Schulz R., Páll S., Smith J., Hess B., Lindahl E. GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers // SoftwareX, 2015. V. 1–2. P. 19–25.
  17. Bussi G., Donadio D., Parrinello M. Canonical sampling through velocity rescaling // J. Chem. Phys. 2007. V. 126. P. 014101.
  18. Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., van Gunsteren W.F., DiNola A., Haak J.R. Molecular dynamics with coupling to an external bath // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. P. 3684–3690.
  19. Diego Gatta G., Angel R.J., Rotiroti N., Carpenter M.A. High-pressure and low-temperature behaviour of trigonal kalsilite // Geophysical Research Abstracts, 2010. V. 12, EGU2010-12321.
  20. Darden T., York D., Pedersen L. Particle mesh Ewald: An N⋅log(N) method for Ewald sums in large systems // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. P. 10 089–10 092.
  21. Wennberg C.L., Murtola T., Hess B., Lindahl E. Lennard–Jones Lattice Summation in Bilayer Simulations Has Critical Effects on Surface Tension and Lipid Properties // J. Chem. Theory Comput. 2013. V. 9. P. 3527–3537.
  22. Shelby J.E. Introduction to Glass Science and Technology // Royal Society of Chemistry, 2 ed. 2007.
  23. Lipinska-Kalita K.E., Kalita P., Hemmers O., Hartmann T. Equation of state of gallium oxide to 70 GPa: Comparison of quasihydrostatic and nonhydrostatic compression // Physical Review B. 2008. V. 77. P. 094123.
  24. Barzilai S., Halevy I., Yeheskel O. Bulk modulus of Sc2O3: Ab initio calculations and experimental results // J. Applied Physics, 2011. V. 110. P. 043 532.
  25. Palko J.W., Waltraud W.M., Sinogeikin S.V., Bass J.D., Sayir A. Elastic constants of yttria (Y2O3) monocrystals to high temperatures // J. Applied Physics, 2001. V. 89. P. 7791–7796.
  26. Materials Data on Na2SiO3 by Materials Project // LBNL Materials Project; Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL), Berkeley, CA (United States), 2020.
  27. Bass J.D. Elasticity of Minerals, Glasses, and Melts // In: Mineral Physics and Crystallography: A Handbook of Physical Constants. 1995. Eds. Ahrens T. J. Washington: American Geophysical Union. P. 45–63.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2.

Скачать (645KB)

© Г.И. Макаров, К.С. Шилкова, А.В. Шунайлов, П.В. Павлов, Т.М. Макарова, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».