СИКВЕНС-СПЕЦИФИЧНОСТЬ ДИМЕРНЫХ БИСБЕНЗИМИДАЗОЛОВ К АТ-ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯМ ДНК РАЗЛИЧНОГО НУКЛЕОТИДНОГО СОСТАВА, ОПРЕДЕЛЕННАЯ С ПОМОЩЬЮ ФУТПРИНТИНГА

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Сайт-специфичность связывания с ДНК трех серий узкобороздочных лигандов - димерных бисбензимидазолов DB2(n), DB2P(n) и DB2Py(n) - впервые определена методом футпринтинга с ДНКазой I. Соединения состоят из двух бисбензимидазольных блоков, соединенных между собой олигометиленовыми линкерами различной длины (n). У DB2(n) и DB2P(n) общий мономер MB2 представляет собой аналог Hoechst 33342, в котором удалено гидрофобное этоксифенильное ядро и на его место введена гидрофильная аминометиленовая группа. В состав структуры молекул серии DB2Py(n) входят два бензимидазольных кольца и одна пирролкарбоксамидная группа, являющаяся структурной единицей антибиотика нетропсина, специфичного к АТ-последовательностям ДНК. Показано, что все исследуемые соединения имеют специфичность в отношении АТ-пар нуклеотидов ДНК. Димерные бисбензимидазолы серии DB2P(n) и DB2(n) обладают повышенным сродством к последовательностям (AATT)3 и ТТТТ. Для DB2Py(n) определена высокая специфичность к АТ-богатым последовательностям и склонность первоочередно связываться с TTTT-мотивом. Все исследованные соединения не взаимодействуют с последовательностями, содержащими менее четырех AT-пар оснований. Результаты демонстрируют потенциал этих соединений как инструментов для воздействия на определенные последовательности ДНК, что открывает перспективы их применению в молекулярной биологии и разработке лекарственных препаратов.

Об авторах

Д. С. Набережнов

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН; “НМИЦонкологии им. Н.Н. Блохина” Минздрава России

Россия, 119991 Москва; Россия, 115522 Москва

А. Ф. Арутюнян

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

А. Д. Бениаминов

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

Н. М. Смирнов

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

Д. Н. Калюжный

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

А. Л. Жузе

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

О. Ю. Сусова

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН; “НМИЦонкологии им. Н.Н. Блохина” Минздрава России

Email: susovaolga@gmail.com
Россия, 119991 Москва; Россия, 115522 Москва

Список литературы

  1. Wu K., Peng X., Chen M., Li Y., Tang G., Peng J., Peng Y., Cao X. // Chem. Biol. Drug. Des. 2022. V. 99. P. 736-757. https://doi.org/10.1111/cbdd.14022
  2. Tyagi Y.K., Jali G., Singh R. // Med. Chem. 2022. V. 22. P. 3280-3290. https://doi.org/10.2174/1871520622666220429134818
  3. Alniss H.Y., Al-Jubeh H.M., Msallam Y.A., Siddiqui R., Makhlouf Z., Ravi A., Hamdy R., Soliman S.S.M., Khan N.A. // Eur. J. Med. Chem. 2024. V. 271. P. 116440. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2024.116440
  4. Pan T., He X., Chen B., Chen H., Geng G., Luo H., Zhang H., Bai C. // Eur. J. Med. Chem. 2015. V. 5. P. 500-513. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2015.03.050
  5. Phan N.K., Huynh T.K., Nguyen H.P., Le Q.T., Nguyen T.C., Ngo K.K., Nguyen T.H., Ton K.A., Thai K.M., Hoang T.K. // ACS Omega. 2023. V. 28. P. 28733-28748. https://doi.org/10.1021/acsomega.3c03530
  6. Teng M.K., Usman N., Frederick C.A., Wang A.H. // Nucleic Acids Res. 1988. V. 25. P. 2671-2690. https://doi.org/10.1093/nar/16.6.2671
  7. Breusegem S.Y., Clegg R.M., Loontiens F.G. // J. Mol. Biol. 2002. V. 1. P. 1049-1061. https://doi.org/10.1006/jmbi.2001.5301
  8. Bazhulina N.P., Nikitin A.M., Rodin S.A., Surovaya A.N., Kravatsky Y.V., Pismensky V.F., Archipova V.S., Martin R., Gursky G.V. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2009. V. 26. P. 701-718. https://doi.org/10.1080/07391102.2009.10507283
  9. Streltsov S.A., Gromyko A.V., Oleinikov V.A., Zhuze A.L. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2006. V. 24. P. 285-302. https://doi.org/10.1080/07391102.2006.10507121
  10. Ivanov A.A., Salianov V.I., Strel’tsov S.A., Cherepanova N.A., Gromova E.S., Zhuze A.L. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2011. V. 37. P. 530-541. https://doi.org/10.1134/s1068162011040054
  11. Ivanov A.A., Koval V.S., Susova O.Y., Salyanov V.I., Oleinikov V.A., Stomakhin A.A., Shalginskikh N.A., Kvasha M.A., Kirsanova O.V., Gromova E.S., Zhuze A.L. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2015. V. 1. P. 2634-2638. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2015.04.087
  12. Neidle S. // Nat. Prod. Rep. 2001. V. 18. P. 291-309. https://doi.org/10.1039/a705982e
  13. Susova O.Y., Karshieva S.S., Kostyukov A.A., Moiseeva N.I., Zaytseva E.A., Kalabina K.V., Zusinaite E., Gildemann K., Smirnov N.M., Arutyunyan A.F., Zhuze A.L. // Act. Nat. 2024. V. 16. P. 86-100. https://doi.org/10.32607/actanaturae.27327
  14. Naberezhnov D.S., Kirsanov K.I., Glazunov V.Y., Belitskiy G.A., Yakubovskaya M.G. // Russ. Fundam. Res. 2015. V. 2. P. 5599-5604.
  15. Caneva R., De Simoni A., Mayol L., Rossetti L., Savino M. // Biochim. Biophys. Acta. 1997. V. 7. P. 93-97. https://doi.org/10.1016/s0167-4781(97)00091-2
  16. Isagulieva A.K., Kaluzhny D.N., Beniaminov A.D., Soshnikova N.V., Shtil A.A. // Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 8871. https://doi.org/10.3390/ijms23168871

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).