Сравнительный анализ поведения cy5-пиримидиновых нуклеотидов в реакции амплификации по типу катящегося кольца
- Авторы: Лапа С.А.1, Чиркова П.А.1, Суржиков С.А.1, Кузнецова В.Е.1, Шершов В.Е.1, Чудинов А.В.1
-
Учреждения:
- Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
- Выпуск: Том 50, № 4 (2024)
- Страницы: 568-573
- Раздел: Статьи
- URL: https://ogarev-online.ru/0132-3423/article/view/267353
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342324040157
- EDN: https://elibrary.ru/MWASES
- ID: 267353
Цитировать
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Аннотация
Синтезированы две пары Cy5-меченных трифосфатов dU и dC с аналогичными электронейтральными структурами флуорофора, различающиеся длиной углеводородного линкера между флуорофором и азотистым основанием. Проведен сравнительный анализ их субстратного поведения в варианте изотермической амплификации ДНК по типу катящегося кольца (RCA) с использованием ДНК-полимеразы Bst 3.0. Установлено, что нуклеотиды с длинным линкером между флуорофором и пиримидиновым основанием эффективнее встраиваются в растущую цепь ДНК, в то время как нуклеотиды с коротким линкером меньше ингибируют RCA. В каждой из пар dU и dC с аналогичными флуорофорами и линкерами большую плотность встраивания демонстрировали флуоресцентно-меченные производные уридина. Установлено, что при одновременном встраивании меченых dU и dC ингибирующий эффект не суммируется. Это дает основания для более внимательного изучения различных вариантов Cy5-dC с целью повышения чувствительности анализа при одновременном введении меченых dU и dC.
Полный текст
Об авторах
С. А. Лапа
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Автор, ответственный за переписку.
Email: lapa@biochip.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
П. А. Чиркова
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: lapa@biochip.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
С. А. Суржиков
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: lapa@biochip.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
В. Е. Кузнецова
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: lapa@biochip.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
В. Е. Шершов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: lapa@biochip.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
А. В. Чудинов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: lapa@biochip.ru
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
Список литературы
- Ali M.M., Li F., Zhang Z., Zhang K., Kang D.K., Ankrum J.A., Le X.C., Zhao W. // Chem. Soc. Rev. 2014. V. 43. P. 3324–3341. https://doi.org/10.1039/c3cs60439j
- Mori Y., Notomi T. // J. Infect. Chemother. 2009. V. 15. P. 62–69. https://doi.org/10.1007/s10156-009-0669-9
- Piepenburg O., Williams C.H., Stemple D.L., Armes N.A. // PLoS Biol. 2006. V. 4. P. e204. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040204
- Чемисова О.С., Цырулина О.А., Трухачев А.Л., Носков А.К. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022. Т. 99. C. 126–138. https://doi.org/10.36233/0372-9311-176
- Lapa S.A., Volkova O.S., Spitsyn M.A., Shershov V.E., Kuznetsova V.E., Guseinov T.O., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2019. V. 45. P. 263–272. https://doi.org/10.1134/S0132342319040043
- Lapa S.A., Guseinov T.O., Pavlov A.S., Shershov V.E., Kuznetsova V.E., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2020. V. 46. P. 557–562. https://doi.org/10.31857/S0132342320040168
- Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Emelyanova М.А., Guseinov T.O., Lapa S.A., Nasedkina T.V., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Dyes Pigments. 2017. V. 147. P. 199–210. https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2017.07.052
- Shershov V.E., Lapa S.A., Levashova A.I., Shishkin I.Yu., Shtylev G.F., Shekalova E.Yu., Vasiliskov V.A., Zasedatelev A.S., Kuznetsova V.E., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2023. V. 49. P. 1151–1158. https://doi.org/10.1134/S1068162023050242
- Lapa S.A., Volkova O.S., Kuznetsova V.E., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Mol. Biol. 2022. V. 56. P. 115–123. https://doi.org/10.31857/S0026898422010050
- Lapa S.A., Miftakhov R.A., Klochikhina E.S., Ammur Y.I., Blagodatskikh S.A., Shershov V.E., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Mol. Biol. 2021. V. 55. P. 828–838. https://doi.org/10.1134/S0026893321040063
Дополнительные файлы
