Structural analysis of LZTFL1 protein by the principal component analysis method (PCA-seq)

Capa

Citar

Texto integral

Acesso aberto Acesso aberto
Acesso é fechado Acesso está concedido
Acesso é fechado Somente assinantes

Resumo

The single-nucleotide mutation rs17713054G>A in the promoter region of LZTFL1 (leucine zipper transcription factor like 1) gene is a factor in the severe course of coronavirus infection COVID-19. Computer statistical analysis of the gene by principal component analysis (PCA-seq) revealed the presence of a high correlation between the first principal component of the translated amino acid sequence and eleven amino acid indices of the AAindex database, characterizing the physicochemical and biochemical properties of the protein. The indices BEGF750102, CHOP780209, PALJ810110, GEIM800107, QIAN880121, LEVM780102, PRAM900103 are associated with β-folding parameters. The LZTFL1 protein is part of the Bardet-Biedl Syndrome (BBS) protein complexes that regulate intracellular transport in the ciliated epithelium of the lungs. It is assumed that the presence of β-sheet elements in the structure of the LZTFL1 protein plays an important role in ACE2 receptor-mediated endocytosis, stimulating the rate of angiotensin-converting enzyme 2 recycling and accelerating the delivery of adherented coronavirus SARS-CoV-2 virions into the cell during the initiation of severe acute respiratory syndrome COVID-19.

Texto integral

Acesso é fechado

Sobre autores

I. Khegay

Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch, RAS

Autor responsável pela correspondência
Email: khegay@bionet.nsc.ru
Rússia, prosp. Akad. Lavrentieva 10, Novosibirsk, 630090

X. Yu

Novosibirsk State University

Email: khegay@bionet.nsc.ru
Rússia, ul. Pirogova 2, Novosibirsk, 630090

V. Efremov

Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch, RAS; Novosibirsk State University

Email: khegay@bionet.nsc.ru
Rússia, prosp. Akad. Lavrentieva 10, Novosibirsk, 630090; ul. Pirogova 2, Novosibirsk, 630090

Bibliografia

  1. Seo S., Zhang Q., Bugge K., Breslow D.K., Searby C.C., Nachury M.V., Sheffield V.C. // PLoS Genet. 2011. V. 7. P. e1002358. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002358
  2. Huang Q., Li W., Zhou Q., Awasthi P., Cazin C., Yap Y., Mladenovic-Lucas L., Hu B., Jeyasuria P., Zhang L., Granneman J.G., Hess R.A., Ray P.F., Kherraf Z.-E., Natarajan V., Zhang Z. // Dev. Biol. 2021. V. 477. P. 164–176. https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2021.05.006
  3. Fliegauf M., Benzing T., Omran H. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007. V. 8. P. 880–893. https://doi.org/10.1038/nrm2278
  4. Lyu Q., Li Q., Zhou J., Zhao H. // J. Cell Biol. 2024. V. 223. P. e202307150. https://doi.org/10.1083/jcb.202307150
  5. Downes D.J., Cross A.R., Hua P., Roberts N., Schwessinger R., Cutler A.J., Munis A.M., Brown J., Mielczarek O., de Andrea C.E., Melero I., COMBAT Consortium, Gill D.R., Hyde S.C., Knight J.C., Todd J.A., Sansom S.N., Issa F., Davies J.O.J., Hughes J.R. // Nat. Genet. 2021. V. 53. P. 1606–1615. https://doi.org/10.1038/s41588-021-00955-3
  6. Anderson R.M., Heesterbeek H., Klinkenberg D., Déirdre Hollingsworth T.D. // Lancet. 2020. V. 395. P. 931–934. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30567-5
  7. Tang X., Wu C., Li X., Song Y., Yao X., Wu X., Duan Y., Zhang H., Wang Y., Qian Z., Cui J., Lu J. // Natl. Sci. Rev. 2020. V. 7. P. 1012–1023. https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036
  8. Hu B., Guo H., Zhou P., Shi Z.-L. // Nat. Rev. Microbiol. 2021. V. 19. P. 141–154. https://doi.org/10.1038/s41579-020-00459-7
  9. Lu J., Sun P.D. // J. Biol. Chem. 2020. V. 295. P. 18579– 18588. https://doi.org/10.1074/jbc.RA120.015303
  10. Lan J., Ge J., Yu J., Shan S., Zhou H., Fan S., Zhang Q., Shi X., Wang Q., Zhang L., Wang X. // Nature. 2020. V. 581. P. 215–220. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2180-5
  11. Hajizadeh F., Khanizadeh S., Khodadadi H., Mokhayeri Y., Ajorloo M., Malekshahi A., Heydaria E. // Microb. Pathog. 2022. V. 168. P. 105595. https://doi.org/10.1016/j.micpath.2022.105595
  12. Wysocki J., Schulze A., Batlle D. // Biomolecules. 2019. V. 9. P. 886. https://doi.org/10.3390/biom9120886
  13. Lu J., Sun P.D. // J. Biol. Chem. 2020. V. 295. P. 18579– 18588. https://doi.org/10.1074/jbc.RA120.015303
  14. Guy J.L., Lambert D.W., Warner F.J., Hooper N.M., Turner A.J. // Biochim. Biophys. Acta. 2005. V. 1751. P. 2–8. https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2004.10.010
  15. Iwasaki M., Saito J., Zhao H., Sakamoto A., Hirota K., Ma D. // Inflammation. 2021. V. 44. P. 13–34. https://doi.org/10.1007/s10753-020-01337-3
  16. Ren Y., Lv L., Li P., Zhang L. // J. Infect. 2022. V. 85. P. e21–e23. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2022.04.019
  17. Klink B.U., Gatsogiannis C., Hofnagel O., Wittinghofer A., Raunser S. // eLife. 2020. V. 9. P. e53910. https://doi.org/10.7554/eLife.53910
  18. Muller J., Stoetzel C., Vincent M.C., Leitch C.C., Laurier V., Danse J.M., Hellé S., Marion V., Bennouna-Greene V., Vicaire S., Megarbane A., Kaplan J., Drouin-Garraud V., Hamdani M., Sigaudy S., Francannet C., Roume J., Bitoun P., Goldenberg A., Philip N., Odent S., Green J., Cossée M., Davis E.E., Katsanis N., Bonneau D., Verloes A., Poch O., Mandel J.L., Dollfus H. // Hum. Genet. 2010. V. 127. P. 583–593. https://doi.org/10.1007/s00439-010-0804-9
  19. Liu P., Lechtreck K.F. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2018. V. 115. P. E934–E943. https://doi.org/10.1073/pnas.1713226115
  20. Jin H., White S.R., Shida T., Schulz S., Aguiar M., Gygi S.P., Bazan J.F., Nachury M.V. // Cell. 2010. V. 141. P. 1208–1219. https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.05.015
  21. Pereira J., Lupas A.N. // Front. Mol. Biosci. 2022. V. 9. P. 895496. https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.895496.
  22. Ефимов В.М., Ефимов К.В., Ковалева В.Ю. // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2019. Т. 23. С. 1032–1036. https://doi.org/10.18699/VJ19.584
  23. Takens F. // Dynamical Systems and Turbulence, Lecture Notes in Mathematics. 1981. V. 898. P. 366– 381. https://doi.org/10.1007/BFb0091924
  24. Gower J.C. // Biometrika. 1966. V. 53. P. 325–338. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3-4.325
  25. Cavalli-Sforza L.L., Menozzi P., Piazza A. // J. Asian Studies. 1995. V. 54. P. 2173–2219. https://doi.org/10.2307/2058750
  26. Kawashima S., Pokarowski P., Pokarowska M., Kolinski A., Katayama T., Kanehisa M. // Nucleic Acids Res. 2008. V. 36. P. D202–D205. https://doi.org/10.1093/nar/gkm998
  27. Benjamini Y., Hochberg Y. // J. R. Statist. Soc. B. 1995. V. 57. P. 289–300. https://doi.org/10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
  28. Hammer Ø., Harper D.A., Ryan P.D. // Palaeontologia Electronica. 2001. V. 4. P. 1–9. https://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
  29. Polunin D., Shtaiger I., Efimov V. // bioRxiv. 2019. P. 803684. https://doi.org/10.1101/803684

Arquivos suplementares

Arquivos suplementares
Ação
1. JATS XML
Baixar
2. Fig. 1. Dynamics of positional variability of the first principal component of the amino acid sequence of the LZTFL1 protein (top) and normalized amino acid indices (bottom). The gray background indicates the scatter of data.

Baixar (178KB)
Metadados

Declaração de direitos autorais © Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».