WEEGIT – приложение для визуализации и описания данных электрофизиологической активности

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Мастер визуализации информации об электроэнцефаллограмме – “WEEGIT” – программное обеспечение, предназначенное для визуализации и описания длительных регистраций сигналов. Длительные регистрации сигналов существуют в разных областях исследований и широко представлены в нейробиологии. В настоящее время регистрация электрофизиологической активности утвердилась как “золотой стандарт” в нейробиологических исследованиях. Поэтому мы предложили и апробировали “WEEGIT” как мощный и удобный инструмент для описания электрофизиологических записей. Мы объединили в “WEEGIT” наиболее востребованные функции, представленные в других коммерческих и некоммерческих программах. Представленное программное обеспечение может работать с широко распространенными форматами записей. “WEEGIT” позволяет адаптивно визуализировать до 512 каналов записи в различных временных масштабах без потери эффективности и без потребления дополнительных машинных ресурсов. Визуализация также включает опциональный встроенный пространственно-временной анализ (плотность источников тока или плотность потенциалов действия), отображаемый в виде фонового изображения. Встроенный набор дополнительных процедур фильтрации и преобразования сигнала позволяет улучшить визуализацию записи. “WEEGIT” имеет удобный графический интерфейс пользователя с возможностью одновременного просмотра и описания записей в одном рабочем пространстве. Описание может осуществляться как простым внесением текстовой информации, так и интерактивным размещением специализированных меток и объектов. Программа также позволяет сохранять данные в формате c пониженной дискретизацией как для всей записи, так и для определенных пользователем событий. В заключение следует отметить, что “WEEGIT” предоставляет большой набор инструментов для удобной работы как для начинающих пользователей, так и для специалистов в области электрофизиологических исследований, включая подготовку данных для последующего специализированного анализа.

Об авторах

Д. С. Сучков

Средиземноморский Институт Нейробиологии, ИНСЕРМ, Университет Экс-Марсель

Автор, ответственный за переписку.
Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Франция, Марсель

В. В. Шумкова

НИЛ Новые инженерные решения современных лабораторных исследований,
Казанский (Приволжский) Федеральный Университет

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Россия, Казань

В. Р. Ситдикова

НИЛ Новые инженерные решения современных лабораторных исследований,
Казанский (Приволжский) Федеральный Университет

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Россия, Казань

В. М. Силаева

НИЛ Новые инженерные решения современных лабораторных исследований,
Казанский (Приволжский) Федеральный Университет

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Россия, Казань

А. Е. Логашкин

НИЛ Новые инженерные решения современных лабораторных исследований,
Казанский (Приволжский) Федеральный Университет

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Россия, Казань

А. Р. Мамлеев

НИЛ Новые инженерные решения современных лабораторных исследований,
Казанский (Приволжский) Федеральный Университет

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Россия, Казань

М. Г. Минлебаев

Средиземноморский Институт Нейробиологии, ИНСЕРМ, Университет Экс-Марсель; НИЛ Новые инженерные решения современных лабораторных исследований,
Казанский (Приволжский) Федеральный Университет

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Франция, Марсель; Россия, Казань

Список литературы

  1. Altman Y. Findjobj – find java handles of Matlab graphic objects. MATLAB Central File Exchange 2023. https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/14317-findjobj-find-java-handles-of-matlab-graphic-objects
  2. Buzsaki G., Anastassiou C.A., Koch C. The origin of extracellular fields andcurrents — eeg, ecog, lfp and spikes. Nature Reviews Neuroscience 2012. 13 (6): 407–420. https://doi.org/10.1038/nrn3241
  3. Hazan L., Zugaro M., Buzsaki G. Klusters, neuroscope, ndmanager: A free software suite for neurophysiological data processing and visualization. Journal of Neuroscience Methods 2006. 155 (2): 207–216. https://doi.org/10.1016/j.jneumeth.2006.01.017
  4. Nasiotis K., Cousineau M., Tadel F., Peyrache A., Leahy R.M., Pack C.C., Baillet S. Integrated open-source software for multiscale electrophysiology. Scientific Data 2019. 6 (1): 231. https://doi.org/10.1038/s41597-019-0242-z
  5. Patel Y.A., George A., Dorval A.D., White J.A., Christini D.J., Butera R.J. Hard real-time closed-loop electrophysiology with the real-time experiment interface (rtxi). PLOS Computational Biology 2017. 13 (5): e1005430. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005430
  6. Siegle J.H., Lopez A.C., Patel Y.A., Abramov K., Ohayon S., Voigts J. Openephys: an open-source, plugin-based platform for multichannel electrophysiology. Journal of Neural Engineering 2017. 14 (4): 045003. https://doi.org/10.1088/1741-2552/aa5eea
  7. Tadel F., Baillet S., Mosher J.C., Pantazis D., Leahy R.M. Brainstorm: A userfriendly application for meg/eeg analysis. Computational Intelligence and Neuroscience 2011. https://doi.org/10.1155/2011/879716

Дополнительные файлы


© D.S. Suchkov, V.V. Shumkova, V.R. Sitdikova, V.M. Silaeva, A.E. Logashkin, A.R. Mamleev, M.G. Minlebaev, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».