Молекулярное типирование и устойчивость к макролидным антибиотикам у российских клинических изолятов Treponema pallidum: данные 2018–2019 гг.

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Молекулярное типирование Treponema pallidum, основанное на исследовании вариабельных генов arp, tprII и tp0548, является международно признанным методом анализа эпидемиологии сифилиса, в том числе  позволяющим осуществлять мониторинг антибиотикорезистентных вариантов возбудителей этого заболевания.
Цель: охарактеризовать молекулярные субтипы T. pallidum, изолированные из клинического материала от больных сифилисом в 2018–2019 гг., оценить наличие у них известных генетических детерминант антибиотикорезистентности, а также сопоставить полученные результаты с известными российскими и зарубежными данными.
Материалы и методы. Исследованы 64 клинических изолята T. pallidum, полученных из 10 субъектов Российской Федерации: Астраханской, Иркутской, Калужской, Новосибирской и Омской областей, Ставропольского края, республик Саха (Якутия), Тывы и Чувашии, Москвы. Вариабельность гена arp оценена по количеству внутренних тандемных повторов из 60 пар оснований методом ПЦР. Вариабельность генов tprII оценена на основе полиморфизма длины фрагментов рестрикции. Нуклеотидная последовательность вариабельного участка гена tp0548 длиной 84 пар оснований (позиции 131–215), а также генетические детерминанты устойчивости к макролидам в гене 23S rRNA исследованы методом капиллярного секвенирования.
Результаты. В 9 из 10 обследованных субъектов Российской Федерации установлено абсолютное превалирование молекулярного субтипа T. pallidum 14 d/f, составившего 93,75 % общего количества клинических изолятов, что согласуется данными о его устойчивом доминировании на протяжении 2011–2017 гг. Наиболее распространенный в странах Западной Европы молекулярный субтип T. pallidum 14 d/g обнаруживался в Калужской и Омской областях, формируя 4,69 % общей численности анализируемой выборки. Спорадически, но стабильно встречающийся на протяжении многолетнего мониторинга молекулярный субтип T. pallidum 14 b/f был представлен единичным клиническим изолятом (1,56 %), поступившим из Республики Тыва. Генетическая замена A2058G в гене 23S rRNA, обуславливающая развитие резистентности к макролидам, детектирована у 2 из 60 клинических изолятов молекулярного субтипа 14 d/f, поступивших из Московской и Омской областей, будучи характерной для всех (3 из 3) представителей молекулярного субтипа 14 d/g. В целом в 2018–2019 гг. резистентность к макролидам констатирована у 7,81 % современных российских клинических изолятов T. pallidum, что превышает установленный ВОЗ пороговый уровень, позволяющий рекомендовать лекарственное средство для терапии ИППП.
Выводы. Современная молекулярная эпидемиология сифилиса в Российской Федерации характеризуется доминированием молекулярного субтипа T. pallidum 14 d/f, что существенно отличает локальную популяцию от таковых в сопредельных государствах Европы и Азии. Продолжающееся распространение детерминант резистентности к макролидам заставляет с осторожностью относиться к использованию этой группы лекарственных средств для терапии сифилиса и является аргументом в пользу соответствующего пересмотра действующих клинических рекомендаций.

Об авторах

В. С. Соломка

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Министерства здравоохранения Российской Федерации

Email: fake@neicon.ru
д.б.н., заместитель директора по научной работе

107076, Российская Федерация, г. Москва, ул. Короленко, д. 3, стр. 6 Россия

Т. М. Комягина

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Министерства здравоохранения Российской Федерации

Email: fake@neicon.ru
младший научный сотрудник отдела лабораторной диагностики ИППП и дерматозов

107076, Российская Федерация, г. Москва, ул. Короленко, д. 3, стр. 6 Россия

А. В. Честков

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Министерства здравоохранения Российской Федерации

Автор, ответственный за переписку.
Email: chestkov@cnikvi.ru
к.б.н., старший научный сотрудник отдела лабораторной диагностики ИППП и дерматозов 

107076, Российская Федерация, г. Москва, ул. Короленко, д. 3, стр. 6 Россия

А. П. Обухов

ГБУЗ Республики Тыва «Республиканский кожно-венерологический диспансер»

Email: fake@neicon.ru
к.м.н., заместитель главного врача

667000, Российская Федерация, г. Кызыл, ул. Щетинкина-Кравченко, д. 66 Россия

Д. Г. Дерябин

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Министерства здравоохранения Российской Федерации

Email: fake@neicon.ru
д.б.н., профессор, ведущий научный сотрудник отдела лабораторной диагностики ИППП и дерматозов

107076, Российская Федерация, г. Москва, ул. Короленко, д. 3, стр. 6 Россия

Список литературы

  1. Foxman B., Riley L. Molecular epidemiology: focus on infection. Am J Epidemiol. 2001;153(12):1135–1141.
  2. Сидоренко С. В., Соломка В.С., Кожушная О. С., Фриго Н. В. Методы типирования возбудителей инфекций, передаваемых половым путем. Вестник дерматологии и венерологии. 2010;3:12–21.
  3. Harper K. N., Liu H., Ocampo P. S., Steiner B. M., Martin A., Levert K. et al. The sequence of the acidic repeat protein (arp) gene differentiates venereal from nonvenereal Treponema pallidum subspecies, and the gene has evolved under strong positive selection in the subspecies that causes syphilis. FEMS Immunol Med Microbiol. 2008;53(3):322–332.
  4. Pillay A., Liu H., Chen C.Y., Holloway B., Sturm A.W., Steiner B. et al. Molecular subtyping of Treponema pallidum subspecies pallidum. Sex Transm Dis. 1998;25(8):408–414.
  5. Marra C. M., Sahi S. K., Tantalo L. C., Godornes C., Reid T., Behets F. et al. Enhanced molecular typing of Treponema pallidum: geographical distribution of strain types and association with neurosyphilis. J Infect Dis. 2010;202:1380–1388.
  6. Ma D. Y., Giacani L., Centurión-Lara A. The molecular epidemiology of Treponema pallidum subspecies pallidum. Sex Health. 2015;12(2):141–147.
  7. Stamm L.V. Global challenge of antibiotic-resistant Treponema pallidum. Antimicrob Agents Chemother. 2010;54(2):583–589.
  8. Кубанова А. А., Кубанов А. А., Фриго Н. В., Волков И. А., Ротанов С. В., Суворова А. А. Первый опыт молекулярного типирования и определения антибиотикорезистентности штаммов возбудителя сифилиса Treponema pallidum в Российской Федерации. Вестник дерматологии и венерологии. 2013;3:34–36.
  9. Кубанов А. А., Воробьев Д. В., Обухов А. П., Образцова О. А., Дерябин Д. Г. Молекулярная эпидемиология Treponema pallidum в приграничном регионе Российской Федерации (Республика Тыва). Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017;35(1):26–30.
  10. Khairullin R., Vorobyev D., Obukhov A., Kuular U.H., Kubanova A., Kubanov A. et al. Syphilis epidemiology in 1994–2013, molecular epidemiological strain typing and determination of macrolide resistance in Treponema pallidum in 2013–2014 in Tuva Republic, Russia. APMIS. 2016;124(7):595–602.
  11. Образцова О. А., Алейникова К. А., Обухов А. П., Кубанов А. А., Дерябин Д. Г. Генетические детерминанты резистентности к антимикробным препаратам и их представительство у различных молекулярных субтипов Treponema pallidum subsp. pallidum. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2018;20(3):216–221.
  12. Liu H., Rodes B., Chen C. Y., Steiner B. New tests for syphilis: rational design of a PCR method for detection of Treponema pallidum in clinical specimens using unique regions of the DNA polymerase I gene. J Clin Microbiol. 2001;39(5):1941–1946.
  13. Gallo Vaulet L., Grillová L., Mikalová L., Casco R., Rodríguez Fermepin M., Pando M. A. et al. Molecular typing of Treponema pallidum isolates from Buenos Aires, Argentina: Frequent Nichols-like isolates and low levels of macrolide resistance. PLoS One. 2017;12(2):e0172905.
  14. Lu Y., Wu Q., Wang L., Ji L. Molecular epidemiological survey of Treponema pallidum in pregnant women in the Zhabei District of Shanghai. J Med Microbiol. 2017;66(4):391–396.
  15. Grange P. A., Allix-Beguec C., Chanal J., Benhaddou N., Gerhardt P., Morini J. P. et al. Molecular subtyping of Treponema pallidum in Paris, France. Sex Transm Dis. 2013;40(8):641–644.
  16. Salado-Rasmussen K., Cowan S., Gerstoft J., Larsen H. K., Hoffmann S., Knudsen T. B. et al. Molecular Typing of Treponema pallidum in Denmark: A Nationwide Study of Syphilis. Acta Derm Venereol. 2016;96(2):202–206.
  17. Tipple C., McClure M. O., Taylor G. P. High prevalence of macrolide resistant Treponema pallidum strains in a London centre. Sex Transm Infect. 2011;87(6):486–488.
  18. Образцова О. А., Алейникова К. А., Кубанов А. А., Дерябин Д. Г. Вариабельность нуклеотидных последовательностей гена arp у российских изолятов Treponema pallidum. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ). 2018;1(3):45–52.
  19. Grillová L., Oppelt J., Mikalová L., Nováková M et al. Directly Sequenced Genomes of Contemporary Strains of Syphilis Reveal Recombination-Driven Diversity in Genes Encoding Predicted Surface-Exposed Antigens. Front Microbiol. 2019;10:1691.
  20. Wu B. R., Yang C. J., Tsai M. S., Lee K. Y., Lee N. Y., Huang W. C. et al. Multicentre surveillance of prevalence of the 23S rRNA A2058G and A2059G point mutations and molecular subtypes of Treponema pallidum in Taiwan, 2009–2013. Clin Microbiol Infect. 2014;20:802–807.
  21. Koizumi Y., Watabe T., Ota Y., Nakayama S. I., Asai N. et al. Cerebral Syphilitic Gumma Can Arise Within Months of Reinfection: A Case of Histologically Proven Treponema pallidum Strain Type 14 b/f Infection with Human Immunodeficiency Virus Positivity. Sex Transm Dis. 2018;45(2):e1–e4.
  22. Beale M. A., Marks M., Sahi S. K., Tantalo L. C., Nori A. V., French P. et al. Genomic epidemiology of syphilis reveals independent emergence of macrolide resistance across multiple circulating lineages. Nat Commun. 2019;10(1):3255.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Соломка В.С., Комягина Т.М., Честков А.В., Обухов А.П., Дерябин Д.Г., 2019

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».