Генетический анализ вируса гриппа AH1N1 "пандемический" в условиях эпидемии


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель исследования. Оценка генетической изменчивости вируса гриппа A НIN1 "пандемический" (ВГА НIN1 "пан") в условиях эпидемии и обнаружение набора нуклеотидных полиморфизмов человека, предопределяющих тяжелую форму течения заболевания. Материалы и методы. Для 230 пациентов Москвы, Московской и Свердловской областей с тяжелыми формами острой респираторной вирусной инфекции (ОРВИ) проведена экстракция и очистка геномной РНК вируса из назофарингеальных мазков и геномной ДНК человека из лейкоцитарной фракции венозной крови. Тип вируса гриппа установлен в реакции амплификации с детекцией продуктов в режиме реального времени с использованием праймеров, рекомендованных ВОЗ. Генетические полиморфизмы ВГА НIN1 "пан" и генов человека определены с использованием реакции минисеквенирования с последующей детекцией продуктов МАЛДИ-времяпролетной масс-спектрометрией. Для 15 изолятов ВГА НIN1 "пан" определены нуклеотидные последовательности всего генома. Результаты. Вирус гриппа A НIN1 идентифицирован в 77 случаях, из них 46 отнесены к типу "пандемический", 31 — к типу "сезонный". Мутации, обусловливающие генетически детерминированную устойчивость к адамантам (амантадин, римантадин), обнаружены во всех 46 образцах геномной РНК ВГА НIN1 "пан". В одном образце также обнаружена мутация, приводящая к устойчивости к осельтамивиру (тамифлю). Показано, что в случае тяжелого течения заболевания у пациентов с идентифицированным ВГА НIN1 "пан" определяются генотипы, предрасполагающие к развитию тромбозов, бронхолегочных заболеваний и гипертензивных состояний. Предложен набор генетических тестов для прогнозирования осложнений течения заболевания. Прочитанные в ходе исследования полногеномные последовательности сегментов геномной РНК 15 вирусов ВГА НIN1 "пан" депонированы в GenBank. Заключение. Впервые на территории России выявлен мутантный вариант ВГА НIN1 "пан", устойчивый к осельтамивиру. Описан набор нуклеотидных полиморфизмов, предопределяющих осложненное течение заболевания у пациентов с идентифицированным ВГА НIN1 "пан".

Об авторах

Елена Сергеевна Кострюкова

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Email: el-es@yandex.ru
канд. биол. наук, ст. науч. сотр. лаб. постгеномных исследований в биологии

Н Б Захаржевская

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

П А Костин

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Е Н Ильина

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

А К Ларин

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

О Г Грибанов

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

О В Селезнева

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Е А Приходько

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Т А Акопиан

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Э В Генерозов

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

В Н Лазарев

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА; Институт биоорганической химии РАН

С А Левицкий

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА; Институт биоорганической химии РАН

И Г Кондратов

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Д Г Алексеев

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Н А Базалеев

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Е А Климова

ГОУ ВПО МГМСУ Росздрава

М Р Есаулова

ГОУ ВПО МГМСУ Росздрава

Н Д Ющук

ГОУ ВПО МГМСУ Росздрава

В М Говорун

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА; Институт биоорганической химии РАН; ФГУ Российский научный центр "Курчатовский институт"

В И Сергеенко

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Список литературы

  1. "Transcript of virtual press conference with Dr Keiji Fukuda, Assistant Director-General ad Interim for Health Security and Environment, World Health Organization". World Health Organization. 2009-07-07. http://www.who.int/mediacentre/Pandemic_h1n1_presstranscript_2009_07_07.pdf
  2. "Interim Novel Influenza A (H1N1) Guidance for Cruise Ships". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-08-05. http://www.cdc.gov/h1n1flu/guidance/cruiseships.htm
  3. Chan, Dr. Margaret "World now at the start of 2009 influenza pandemic". World Health Organization. 2009-06-11. http://www.who.int/mediacentre/news/statements/2009/h1n1_pandemic_ phase6_20090611
  4. "CDC Briefing on Investigation of Human Cases of H1N1 Flu". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-07-24. http://www.webcitation.org/5jeG7e0IC
  5. "Interim Guidance for 2009 H1N1 Flu (Swine Flu): Taking Care of a Sick Person in Your Home". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-08-05. http://www.cdc.gov/h1n1flu/guidance_homecare.htm
  6. Mauad T., Hajjar L. A., Callegari G. D. et al. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2010; 181 (1): 72—79.
  7. Clinical features of severe cases of pandemic influenza. World Health Organization. 2009-10-16 http://www.who.int/csr/disease/swineflu/notes/h1n1_clinical_features_20091016/en/
  8. CDC protocol of realtime RTPCR for influenza A (H1N1). World Health Organization. http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/CDCRealtimeRTPCR_SwineH1Assay-2009_20090430.pdf
  9. Ilina E. N., Malakhova M. V., Generozov E. V. et al. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (mass spectrometry) for hepatitis C virus genotyping. J. Clin. Microbiol. 2005; 43 (6): 2810-2815.
  10. Sequencing primers and protocol. World Health Organization. http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/Genome-Primers_20090512.pdf
  11. Le Q. M., Wertheim H. F., Tran N. D. et al. A community cluster of oseltamivir-resistant cases of 2009 H1N1 influenza. N. Engl. J. Med. 2010; 362 (1): 86—87.
  12. Gulland A. First cases of spread of oseltamivir resistant swine flu between patients are reported in Wales. Br. Med. J. 2009; 339: b4975.
  13. Eshaghi A., Bolotin S., Burton L. et al. Genetic microhetero-geneity of emerging H275Y influenza virus A (H1N1) in Toronto, Ontario, Canada from the 2007-2008 respiratory seasons. J. of Clin. Virol. 2009; 45: 142—145.
  14. Holsinger L.J., Nichani D., Pinto L.H. et al. Influenza A virus M2 ion channel protein: a structure-function analysis. J. Virol. 1994; 68 (3): 1551—1563.
  15. Pinto L. H., Holsinger L. J., Lamb R. A. Influenza virus M2 protein has ion channel activity. Cell 1992; 69 (3): 517—528.
  16. Pinto L. H., Lamb R. A. Controlling influenza virus replication by inhibiting its proton channel. Mol. Biosyst. 2007; 3 (1): 18—23.
  17. Wang W. Y. S., Glenn C. L., Zhang W. et al. Exclusion of angiotensinogen gene in molecular basis of human hypertension: sibpair linkage and association analyses in Australian Anglo-Caucasians. Am. J. Med. Genet. 1999; 87: 53—60.
  18. Kobashi G., Yamada H., Ohta K. et al. Endothelial nitric oxide synthase gene (nOS3) variant and hypertension in pregnancy. Am. J. Med. Genet. 2001; 103: 241—244.
  19. Contopoulos-Ioannidis D. G., Manoli E. N., Ioannidis J.P.A. Metaanalysis of the association of beta-2-adrenergic receptor polymorphisms with asthma phenotypes. J. Allergy Clin. Immun. 2005; 115: 963—972.
  20. Lahti M., Marttila R., Hallman M. Surfactant protein C gene variation in the Finnish population-association with perinatal respiratory disease. Europ. J. Hum. Genet. 2004; 12: 312—320.
  21. Nogee L. M., Dunbar A. E., Wert S. et al. Mutations in the surfactant protein C gene associated with interstitial lung disease. N. Engl. J. Med. 2001; 344: 573—579.
  22. Joos L., He J.-Q., Shepherdson M. B. et al. The role of matrix metalloproteinase polymorphisms in the rate of decline in lung function. Hum. Mol. Genet. 2002; 11: 569—576.
  23. Franco R. F., Trip M. D., ten Cate H. et al. The 20210G-A mutation in the 3-prime-untranslated region of the prothrombin gene and the risk for arterial thrombotic disease. Br. J. Haemat. 1999; 104: 50—54.
  24. Tybjaerg-Hansen A., Agerholm-Larsen B., Humphries S. E. et al. A common mutation (G (-455)-to-A) in the beta-fibrinogen promoter is an independent predictor of plasma fibrinogen, but not of ischemic heart disease: a study of 9,127 individuals based on the Copenhagen City Heart Study. J. Clin. Invest. 1997; 99: 3034—3039.
  25. Gómez-Gómez A., Magaña-Aquino M., Garcia-Sepúlveda C. A. Severe pneumonia associated with Pandemic (H1N1) 2009 Outbreak, San Luis Potosi, Mexico. Emerg. Infect. Dis. 2010; 16: 27—34.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ООО "Консилиум Медикум", 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).