Search for New Potential T-Cell and B-Cell Epitopes in the Spike Protein of SARS-CoV-2

I. A. Kolesnikov; Колесников И. А.; V. I. Timofeev; Тимофеев В. И.; M. V. Nikolenko; Николенко М. В.; A. V. Ermakov; Ермаков А. В.; A. S. Ivanovsky; Ивановский А. С.; Yu. A. Dyakova; Дьякова Ю. А.; Yu. V. Pisarevsky; Писаревский Ю. В.; M. V. Kovalchuk; Ковальчук М. В.

doi:10.31857/S0023476123600106

Поиск новых потенциальных Т- и В-клеточных эпитопов в спайковом белке SARS-CoV-2

Авторы: Колесников И.А.¹, Тимофеев В.И.¹^,2, Николенко М.В.¹, Ермаков А.В.¹, Ивановский А.С.², Дьякова Ю.А.¹, Писаревский Ю.В.²^,1, Ковальчук М.В.¹^,2
Учреждения:
1. Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
2. Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Выпуск: Том 68, № 6 (2023)
Страницы: 959-970
Раздел: КРИСТАЛЛОГРАФИЯ В БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЕ
URL: https://ogarev-online.ru/0023-4761/article/view/231847
DOI: https://doi.org/10.31857/S0023476123600106
EDN: https://elibrary.ru/YEZWPQ
ID: 231847

Цитировать

Полный текст

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Современная эпидемиологическая обстановка, в том числе новый вирус SARS-CoV-2 и его высокая мутагенность, требуют принципиально новых сроков создания вакцин, что может быть достигнуто только за счет применения современных вычислительных технологий и моделирования. С использованием методов иммуноинформатики найдены эпитопы в спайковом белке вируса SARS-CoV-2, для найденных эпитопов предсказаны их аллергенность и иммуногенность, показано, что на основе данных эпитопов возможно сконструировать вакцину против SARS-CoV-2.

Список литературы

Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses // Nat Microbiol. 2020. V. 5 (4). P. 536. https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z
Beeching N.J., Fletcher T.E., Flower R. // BMJ Best Practice Coronavirus Disease (COVID-19).
Heymann D.L., Shido N. // Lancet. 2020. V. 395 (10224). P. 542. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30374-3
Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (2019-nCoV) infection is suspected: interim guidance, WHO, 2020, 28 January.
Araf Y., Moin A.T., Timofeev V.I. et al. // Front. Immunol. 2022. V. 13. 863234. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.863234
Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomolecular Structure and Dynamics. 2021. V. 40 (16). P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387
Quarleri J., Galvan V., Delpino M.V. // GeroScience. 2022. V. 44 (1). P. 53. https://doi.org/10.1007/s11357-021-00500-4
Gowrisankar A., Priyanka T.M., Banerjee S. // Eur. Phys. J. Plus. 2022. V. 137. P. 100. https://doi.org/10.1140/epjp/s13360-021-02321-y
Yao L., Zhu K. L., Jiang X. L. et al. // Lancet. Infectious Diseases. 2022. V. 22. № 8. P. 1116. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(22)00410-8
Cao Y., Yisimayi A., Jian F. et al. // Nature. 2022. V. 608 (7923). P. 593. https://doi.org/10.1038/s41586-022-04980-y
Gallagher T.M., Buchmeier M.J. // Virology. 2001. V. 279. № 2. P. 371.
Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424
Buus S., Lauemoller S.L., Worning P. et al. // Tissue Antigens. 2003. V. 62. № 5. P. 378.
Potocnakova L., Bhide M., Pulzova L.B. // J. Immunol. Res. 2016. 6760830. https://doi.org/10.1155/2016/6760830
Ponomarenko J., Bui H.H., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2008. V. 9. 514. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-514
Dimitrov I., Bangov I., Flower D.R., Doytchinova I. // J. Mol. Model. 2014. V. 20. 2278. https://doi.org/10.1007/s00894-014-2278-5
Gupta S., Kapoor P., Chaudhary K. et al. // PLoS ONE. 2013 V. 8 (9). № 73957. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0073957
Doytchinova I.A., Flower D.R. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8 (4). https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-4
Kudriavtsev A.V., Vakhrusheva A.V., Novoseletsky V.N. et al. // Viruses. 2022. V. 14 (8). 1603. https://doi.org/10.3390/v14081603
Hallgren J., Konstantinos D.T., Pedersen M.D. et al. // bioRxiv. 2022. https://doi.org/10.1101/2022.04.08.487609
Sharma N., Naorem L.D., Jain S., Raghava G.P.S. // Briefings in bioinformatics. 2022. V. 23. № 5. 174. https://doi.org/10.1093/bib/bbac174