Выявление новых филогенетических линий у восточноазиатской мыши на юге Сихотэ-Алиня на основе анализа изменчивости гена цитохрома b

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Проведен анализ изменчивости гена цитохрома b 11 особей восточноазиатских мышей из Уссурийского заповедника, расположенного на южных отрогах Сихотэ-Алиня в горах Пржевальского. В анализируемой популяции отмечен относительно высокий уровень генетического разнообразия за счет обнаружения особей с гаплотипами трех филогенетических линий: “Amur”, “Korea” и “Manchuria”. Большая часть особей (72.73%) в популяции имела “Amur”-гаплотипы. Отмечено, что частота особей с гаплотипами “Korea” в Уссурийском заповеднике (9.09%) значительно ниже, чем в проанализированной нами ранее популяции на самом юге Приморского края, в Хасанском районе (38.46%). В Уссурийском заповеднике впервые для территории Дальнего Востока России обнаружены две особи с гаплотипами “Manchuria”. Ранее в литературе была отмечена только одна находка особи с подобным гаплотипом в провинции Хэйлунцзян северо-востока Китая. Нами высказано предположение, что особи с гаплотипами “Korea” проникают на юг Сихотэ-Алиня из Южной Кореи, а с гаплотипами “Manchuria” – из Северо-Восточного Китая.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

В. Д. Цуканова

Федеральный научный центр биоразнообразия наземной биоты Восточной Азии Дальневосточного отделения Российской академии наук

Email: sheremet76@yandex.ru
Россия, Владивосток, 690022

И. Н. Шереметьева

Федеральный научный центр биоразнообразия наземной биоты Восточной Азии Дальневосточного отделения Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: sheremet76@yandex.ru
Россия, Владивосток, 690022

Список литературы

  1. Serizawa K., Suzuki H., Iwasa M. et al. A spatial aspect on mitochondrial DNA genealogy in Apodemus peninsulae from East Asia // Biochem. Genet. 2002. № 40. P. 149–161. doi: 10.1023/a:1015841424598
  2. Sakka H., Quere J.P., Kartavtseva I.V. et al. Comparative phylogeography of four Apodemus species (Mammalia: Rodentia) in the Asian Far East: Evidence of Quaternary climatic changes in their genetic structure // Biol. J. Linnean Society. 2010. V. 100. P. 797–821. doi: 10.1111/j.1095-8312.2010.01477.x
  3. Bayarlkhagva D., Tumendemberel O., Damdin B. Mitochondrial cytochrome b gene study of Apodemus peninsulae in Mongolia // Int. J. Curr. Res. 2013. V. 5. № 12. P. 3892–3896. doi: 10.13140/RG.2.2.24365.31200
  4. Шереметьева И.Н., Цуканова В.Д., Тимофеева Д.М. и др. Новые данные по распределению основных филогенетических линий восточноазиатской мыши Apodemus peninsulae на востоке России // Региональные проблемы. 2020. Т. 23. № 3. С. 10–20. doi: 10.31433/2618-9593-2020-23-3-10-20
  5. Kim H.R., Park Y.C. Genetic isolation of Korean populations of Apodemus peninsulae (Rodentia: Muridae) from their neighboring populations // Genes & Genomics. 2015. V. 37. № 12. P. 999–1005. doi: 10.1007/s13258-015-0331-0
  6. Цуканова В.Д., Шереметьева И.Н., Малыгин В.М. Изменчивость гена cyt b у восточноазиатской мыши Apodemus peninsulae Thomas, 1906 – природного носителя хантавируса AMRV в Хасанском районе Приморского края // Амурский зоол. журн. 2024. № 1. С. 56–64. https://www.doi.org/10.33910/2686-9519-2024-16-1-56-64
  7. Aljanabi S.M., Martinez I. Universal and rapid salt extraction of high quality genomic DNA for PCRbased techniques // Nucl. Aci. Res. 1997. V. 25. № 22. P. 4692–4693. doi: 10.1093/nar/25.22.4692
  8. Hall T.A. BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98 // Nucl. Аci. Symp. Series. 1999. V. 41. № 41. P. 95–98. doi: 10.1021/bk-1999-0734.ch008
  9. Kumar S., Stecher G., Li M. et al. MEGA X: Molecular еvolutionary genetics аnalysis across computing platforms // Mol. Biol. Evol. 2018. V. 35. № 6. P. 1547–1549. doi: 10.1093/molbev/msy096
  10. Liu X., Wei F., Li M. et al. Molecular phylogeny and taxonomy of wood mice (genus Apodemus Kaup, 1829) based on complete mtDNA cytochrome b sequences, with emphasis on Chinese species // Mol. Phylogenet. Evol. 2004. V. 33. № 1. P. 1–15. doi: 10.1016/j.ympev.2004.05.011
  11. Liu S.Y., He K., Chen S.D. et al. How many species of Apodemus and Rattus occur in China? A survey based on mitochondrial cyt b and morphological analyses // Zool. Res. 2018. V. 39. № 5. P. 309–320. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2018.053
  12. Hasegawa M., Kishino H., Yano T. Dating of the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA // J. Mol. Evol. 1985. № 22. P. 160–174. doi: 10.1007/BF02101694
  13. Bandelt H.J., Forster P., Röhl A. Median-Joining networks for inferring intraspecific phylogenies // Mol. Biol. Evol. 1999. V. 16. № 1. P. 37–48. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. ML-дендрограмма (а) и филогенетическая сеть гаплотипов цитохрома b мтДНК (б) восточноазиатской мыши. В узлах ветвления указаны бутстреп-поддержки, рассчитанные для 1000 повторов. Номера образцов из Уссурийского заповедника обозначены на дереве жирным шрифтом. Размеры кружков пропорциональны количеству образцов с данным гаплотипом. Цифры и риски на ветвях сети соответствуют числу нуклеотидных замен больше двух.

Скачать (407KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».