Отправить статью по E-mail 
Генетические детерминанты целостности генома льна
- Авторы: Канапин А.А1, Самсонова А.А1
-
Учреждения:
- Санкт-Петербургскии государственный университет
- Выпуск: Том 68, № 3 (2023)
- Страницы: 501-505
- Раздел: Статьи
- URL: https://ogarev-online.ru/0006-3029/article/view/144451
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0006302923030110
- EDN: https://elibrary.ru/FRUWBQ
- ID: 144451
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Последние достижения в области методов высокопроизводительного секвенирования позволили разработать инновационный подход к оценке стабильности и целостности генома. Глубина сигнала покрытия в определенной точке генома может указывать на потерю целостности ДНК в регионе. В данной работе мы превратили ранее разработанную метрику локальной целостности генома, оценивающую равномерность сигнала покрытия, в количественный признак и провели поиск связанных с ним генетических вариантов в геноме льна. Другими словами, мы применили методологию x QTL (т.е. x Quantitiave Trait Loci, где x - обозначение произвольной количественной характеристики, связанной с определенным регионом генома, например, уровень экспрессии генов, степень покрытия рибосомами и т.д.) для выявления геномных регионов, вероятно способствующих потере целостности генома и, возможно, участвующих в поддержании стабильности генома. Анализ, проведённый с использованием данных полногеномного секвенирования 100 образцов льна, позволил идентифицировать гены, вероятно, принимающие участие в поддержании стабильности генома у льна и, возможно, в целом у растений, a также обозначить новые процессы, связанные с данным процессом.
Об авторах
А. А Канапин
Санкт-Петербургскии государственный университетСанкт-Петербург, Россия
А. А Самсонова
Санкт-Петербургскии государственный университет
Email: a.samsonova@spbu.ru
Санкт-Петербург, Россия
Список литературы
- Z. N. Lye, M. D. Purugganan, Trends Plant Sci., 24, 352 (2019).
- Y. Yuan, P. E. Bayer, J. Batley, and D. Edwards, Plant Biotechnol. J., 19, 2153 (2021).
- S. Nik-Zainal, Genome Med., 11, 1 (2019).
- A. Janssen, S. U. Colmenares, and G. H. Karpen, Annu. Rev. Cell Dev. Biol., 34, 265 (2018).
- S. S. Ho, A. E. Urban, and R. E. Mills, Nat. Rev. Genet., 1 (2019).
- E. M. Kass, M. E. Moynahan, and M. Jasin, MOL-CEL, 62, 777 (2016).
- N. Andor, C. C. Maley, and H. P. Ji, Cancer Res., 77, 2179 (2017).
- A. Dolatabadian, D. A. Patel, D. Edwards, and J. Batley, Theor. Appl. Genet., 130, 2479 (2017).
- A. Abyzov, A. E. Urban, M. Snyder, and M. Gerstein, Genome Res., 21, 974 (2011).
- V. Boeva, et al., Bioinformatics, 28, 423 (2011).
- A. Samsonova, et al., Int. J. Mol. Sci., 22, 2665 (2021).
- D. Arends, et al., Bioinformatics, 28, 1042 (2012).
- B. Ng, et al., Nat. Neurosci., 20, 1 (2017).
- Y. Ma, H. Klein, and P. L. D. Jager, Brain Pathol., 30, 984 (2020).
- М. А. Дук, А. А. Канапин, А. А. Самсонова и др., Биофизика, 67, 234 (2022).
- H. Li and R. Durbin, Bioinformatics, 26, 589 (2010).
- D. Tello, et al., Bioinformatics, 35, 4716 (2019).
- O. Stegle, L. Parts, M. Piipari, et al., Nat. Protoc., 7, 500 (2012).
- H. Ongen, et al., Nat.Commun., 8, 1 (2017).
- H. Fang, B. Knezevic, K. L. Burnham, and J. C. Knight, Genome Med., 8, 1 (2016).
- J. Mistry, et al., Nucl. Acids Res., 49, gkaa913 (2020).
- J.-M. Zhou and Y. Zhang, Cell, 181, 978 (2020).
- D. Lapin, O. Johanndrees, Z. Wu, et al., Plant Cell, 34, 1479 (2022).
- S. J. Riedl, W. Li, Y. Chao, et al., Nature, 434, 926 (2005).
- N. Boes, K. Schreiber, E. Hartig, et al., J. Bacteriol., 188, 6529 (2006).
- D. D. Leipe, Y. I. Wolf, E. V. Koonin, and L. Aravind, J. Mol. Biol., 317, 41 (2002).
Дополнительные файлы
