Конформационные аспекты формирования структур остова полипептидных цепей в белках. Связь конформационной стабильности/лабильности с типом β-изгибов

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Для оценки характера связи между интегральной конформационной стабильностью тетрапептидов и главными типами β-изгибов (также являющихся тетрапептидами) рассчитаны спектр-диаграммы, асимметрия распределения конформационно-стабильных и конформационно-нестабильных тетрапептидов. Показано, что β-изгибы типов I', II и II' состоят из преимущественно конформационно-лабильных пептидов, что согласуется с контекстно-предопределенным характером их структуры. Поскольку, как мы показали ранее, в этом случае конформация навязывается внешними условиями (конкретно, замыканием цикла), превалирование конформационно-лабильных пептидов облегчает формирование структуры за счет внешних факторов. Тип I β-изгиба представляет собой исключение: в нем пептиды с разной конформационной лабильностью распределены достаточно равномерно. Можно предположить, что формирование β-изгиба I-го типа не является контекстно-обусловленным.

Об авторах

И. Ю Торшин

Вычислительный центр им. А.А. Дородницина Федерального исследовательского центра «Информатика и управление» РАН

Email: tiy135@yahoo.com
Москва, Россия

И. В Филатов

Московский физико-технический институт

Москва, Россия

А. В Батяновский

Институт биофизики клетки и клеточной инженерии НАН Беларуси

Минск, Беларусь

К. В Смирнов

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Москва, Россия

А. А Анашкина

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Москва, Россия

Н. Г Есипова

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Москва, Россия

В. Г Туманян

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Москва, Россия

Список литературы

  1. W. Kabsch and C. Sander, Biopolymers, 22 (12), 2577 (1983).
  2. X. de la Cruz, E. G. Hutchinson, A. Shepherd, and J. M. Thornton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99 (17), 11157 (2002).
  3. M. Kumar, M. Bhasin, N. K. Natt, and G. P. S. Raghava, Nucl. Acids Res., 33, W154 (2005).
  4. M. K. Elbashir, J. Wang, F. X. Wu, et al., Proteome Sci., 11 (Suppl. 1), S5 (2013).
  5. C. Fang, Y. Shang, and D. Xu, Proteins, 88 (1), 143 (2020).
  6. A. G. de Brevern, Sci. Reports, 6, 33191 (2016).
  7. Л. А. Уpошлев, И. Ю. Тоpшин, А. В. Батяновcкий и др., Биофизика, 60 (1), 5 (2015).
  8. Л. А. Уpошлев, И. Ю. Тоpшин, А. В. Батяновcкий и др., Биофизика, 64 (2), 272 (2019).
  9. И. Ю. Тоpшин, А. В. Батяновcкий, Л. А. Уpошлев и др., Биофизика, 64 (2), 256 (2019).
  10. Ю. И. Журавлёв, К. В. Рудаков и И. Ю. Торшин, Труды МФТИ, 3 (4), 45 (2011).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».